工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
在旷日持久的世界大战后，城市中遍布着出于不同原因而接受了机械化改造的人类，这些人被称为“扩张者”。与此同时，扩张技术的开发方，科技公司“贝琉连”也因战争对高科技兵器与扩张改造的需求而迅速膨胀，成为了一手遮天的巨型企业，操控着整个城市。随着扩张技术的发展，扩张者与普通人类之间逐渐产生了隔阂，也出现了许许多多的摩擦，由于过度改造而获得强大力量的“过剩扩张者”开始引发一系列社会问题，qiwan.cc成为了威胁社会稳定的重大隐患。因此，政府下辖的复兴厅设立了名为EMS（扩张者对策局）的机构用以管理与扩张者相关的事务，与称霸一方的贝琉连形成了暗中联系又相互牵制的微妙局面。在混乱的社会秩序中，故事的主角，以一把左轮手枪作为头部的过剩扩张者——乾（qián）十三以“处理屋”的身份活跃在城市中，负责接受委托并处理与扩张者相关的各种棘手案件，以此过着行走于刀尖之上的生活。而这样的生活，因为一次别有隐情的“绑架案件”发生了变化……
本故事的时代背景在24世纪。彼时人类在火星上进行行星地球化改造工程，由于两极冰帽融解的水量超乎预期，全星球有90%被海洋覆盖，因而被人称呼为「水星」（AQUA）。在此星球上有个以过去被称为水都的威尼斯为范本所建造的城市新威尼斯（Neo-Venezia），因其仿古的建筑与承袭传统的生活方式而广受观光客喜爱，而其中有一种驾驶小舟穿梭于运河之间，带领观光客游览整座城市的职业，被称为领航员（Undine）。 出身于地球的水无灯里，以成为能独当一面的领航员为目标而来到新威尼斯，目前在艾莉西亚和亚利亚社长的Aria Company中见习。身为半熟手的她，每天都持续练习操控贡多拉及观光导览。《水星领航员》便是在描写灯里以及她身旁的朋友在一年四季中的日常生活点滴。
故事围绕着一个外表看起来阴暗到会被周围人称为“贞子”的女高中生黑沼爽子展开，描述她通过努力逐渐消除周围人的误解，并得到友情与爱情的故事。有着浓黑长发，惨白皮肤的黑沼爽子的座右铭是“日行一善”，喜欢帮助他人，所以一直担任班级委员，由于小学时不小心得到了“贞子”这个绰号，导致周围人以为和她接触会受到诅咒而不敢与她交朋友。上高中后，在受到过自己帮助的同学风早的带动下，逐渐融合到班级中，被改称为“座敷童子”，认为“看到贞子笑的话会有好运”。爽朗王子与“贞子”女生的校园轻喜剧登场啦……
