2071年，即将迎接万圣节的火星都市阿尔帕城。在高速道路上一辆油罐车突然发生了爆炸，而在案发现场周边的人们，却也出现了原因不明的症状相继倒地，造成相关死伤者高达400人以上的惨案。警方认为这可能是使用不明生化武器的恐怖活动，火星政府也发出3亿乌隆的高额赏金缉凶。而在追查另一件盗刷货币卡案件的骇客嫌犯李‧山森的菲，却意外拍到了案发当时，现场所出现的一名手掌上有刺青的男子。为了3亿乌隆的赏金，于是BEBOP号上的四人＋一犬搭档，开始找寻这名男子的下落……
美妙旋律第三季故事是发生在第一季的七年以后、第二季的四年以后，美爱等人已经从pretty top毕业并且学有所成。本作将有别于前作，以平行世界的东京、原宿作为舞台，原本只以"流行"及"舞蹈"为比赛中心的内容，更增添了一项新的"音乐"要素，描述一群能感知音乐的颜色、热度和味道的主角们，站上星光舞台达成梦想的故事。 主角彩濑奈露是个只要听音乐就能感受到声音的颜色，想像力丰富的中学二年级女孩，擅长装饰各式小物擅长装饰各式小物，梦想是希望能够开一间如「Dear Crown」那样引领时尚潮流的店。一天，她得知了即将开设的新店铺，将募集会跳三棱镜舞蹈的女中学生作店长。奈露也参加了甄选，并在众多参加者中脱颖而出，一路来到了最终面试。
早乙女乱马和天道道场的天道茜在父母安排下订下婚约，但是乱马有个非常特别的烦恼，他在中国受训时，不小心掉进了咒泉乡的诅咒之泉，从此之后，他的身体出现了古怪特性，只要碰到冷水就会变成女生，再碰到热水才会变回男生。超搞笑动作浪漫喜剧就此拉开序幕，且看乱马、小茜和其他性格鲜明的独特角色打打闹闹，笑料大放送！
故事内的世界大约与现实中的1930到40年代相当。当时飞机刚发明不久，主要在战争中使用，一般旅行大多乘坐火车。故事中的世界只有一个大陆存在，而这个大陆被中央的路妥尼河及中央山脉分隔成东西两部份。大陆东侧为洛克希昂努联邦（简称洛克榭，官方语言为洛克榭语）及西侧贝佐·伊尔拓亚联合王国（简称斯贝伊尔，官方语言为贝佐语）。两方对于「哪一边才是人类的起源」这个问题争执不下，最后诉诸于战争。虽然现在是休战状态，但仍然常有武装冲突。最近一次是世界曆3277年时发生的列司托奇岛（一座路妥尼河上的小岛）纷争。洛克榭的姓名命名方式为，姓氏在名字后面；而在斯贝伊尔则是姓氏位于名字之前。
