《打黑重案组》故事发生在南方市，当地的公安局打黑重案组遭遇到一桩棘手案件。在破案过程中，重案组受到各种各样的阻挠，案件侦破几度中断。但公安局长和乾警们不为困难所阻，不顾自己和家人所遭受的苦痛，坚持调查最终查清案情，一举打掉了南方市的黑恶组织。 2006年初秋，滨州市、香港乔氏地产公司驻滨州市项目代表郑天京被人在住所谋杀，他的尸体当晚被埋进了工地垃圾堆中…… 市公安局长陆啸天(卢奇饰)命刑警支队重案组长刘英来(祝延平饰)率重案组成员姚晃(吴樾饰)、依蔓(李依蔓饰)和飞飞(马丁诺饰)赶到案发现场投入侦查工作。重案组严格对死者死亡时间保密，发现死者与龙心集团董事长张伟及其部属有密切联系。张伟出身黑社会团伙，掌控滨州市黑白两道…… 同时，被刘英杰逮捕的杀手大脚(李槐龙饰)从服刑地新疆脱逃，潜回滨州市，被老大张伟窝藏起来。大脚仇视刘英杰，打算干掉刘英杰……重案...
陶涛（李晨 饰）是武警九中队里的一名“问题学生”，在押运任务中屡屡犯错，但中队长邵笛（王斑 饰）发现了他内心的闪光点，因此对他格外重用。陶涛的父亲患上了尿毒症，他的弟弟陶锐为了筹钱医治父亲，被犯罪分子利用，设计了一个抢劫银行的软件，得知此事的陶涛尽管十分痛苦，但还是大义灭亲，将弟弟送入了牢房。 项洛阳是邵笛的大学同学，如今已经一跃成为了公司老板，因为经营不善，项洛阳负债累累，于是设计诈保。徐晓菲是陶涛的女友，陶涛怀疑她的父亲正在干某种违法的勾当，于是决心独自调查，却被对方发现打晕。犯罪分子们将目标锁定在了金库之上，所幸陶涛及时醒来，保住了金库的财产。
