故事发生在私立学院的解谜部之中，井藤野乃叶（清水香里 配音）是解谜部的创始人，解谜部以解开世界各地难解之谜，参加全国高中生解密选手赛为目标活跃在校园之中。 个性阳光开朗，运动万能的大门界人（浅沼晋太郎 配音）、长相凶恶貌似不良少年的逆之上住门（福山润 配音）、外表十分可爱但内里却腹黑至极的丘比克（宫田幸季 配音）、学生会会长轴川总司（石田彰 配音），在解谜部中汇聚了各路高智商大神，其中，大门界人的出色表现吸引了神秘智慧集团POG的关注，他们通过暗中操纵，使得大门界人一行人开始挑战一个名为“贤者之谜”的危险游戏。
故事发生在一个小镇上，冈崎朋也（中村悠一 配音）是光坂高中在校生，因为家庭原因他一直过着浑浑噩噩的生活。他不参加任何社团活动，唯一的朋友是春原阳平（阪口大助 配音）。 某天的上学途中，在樱花飞舞的坡道上，他邂逅了一名少女——古河渚（中原麻衣 配音），从此他的生活发生改变。渚因病休学一年，重返校园的她对周围环境感到相当不适应。她想加入戏剧部，然而戏剧部早已休部。朋也决定帮助她一起开展戏剧部的活动，二人关系变得越发亲密。随后不久朋也在图书馆中结识了一名天才少女一之濑琴美（能登麻美子 配音）。 《CLANNAD》是京都动画根据Key社同名游戏改编的TV版动画作品，动画以游戏原作的古河渚线为主要剧情，并穿插其他女主角的相关剧情。
飞弹伤无（赤羽根健治 配音）表面看来是一个非常平凡的男孩子，在姐姐飞弹怜悧（衣川里佳 配音）的安排下，他进入了战略防卫学园阿塔拉克西亚学习，这里生活的女孩们都拥有着各自的魔导装甲，希望能够通过学习如何操纵它们来成为一名合格的战士。 实际上，飞弹伤无拥有着一项特殊能力，那就是通过触摸女孩们的身体来增加她们的装甲的威力。外冷内热嘴硬心软的千鸟渊爱音（影山灯 配音）、热情奔放身材傲人的优莉西亚（赤崎千夏 配音）、风纪委员姬川映流（长妻树里 配音），在学园里，飞弹伤无很快就交到了朋友。
