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“放弃梦想的方法，我不知道——”                                                                      　　终于与“憧憬的高中生”凤树实现共演的星谷悠太，                                                                      　　以下一个梦想为目标，每天在绫薙学园音乐剧学科努力修行音乐剧。                                                                      　　但他马上就要面临“新的试炼”……！                                                                      　　第2学期开始，“绫薙祭”的班级公演近在眼前。                                                                      　　这是初次不借助指导者的力量，仅靠自己来挑战的舞台。                                                                      　　星谷等人越过队伍的壁垒，和新的伙伴共同携手，                                                                      　　为了创造出最棒的舞台而充满干劲，然而……。                                                                      　　阻挡在这样的2年级生面前的，是终于现身的“华樱会”！                                                                      　　他们所提出的绫薙祭改革的一环，就是华樱会策划的全新环节“开幕式”。                                                                      　　被选为演出者的学生将会是次期华樱会的最有力候补，                                                                      　　但作为代价，将无法参加班级公演！？                                                                      　　青春喧闹音乐剧物语，最后的帷幕拉起的瞬间。

平凡的少女叶波柚香，某天在回家的路上看见了一只神秘生物「米咚」，并被告知自己具有魔法少女的素质。柚香心中虽然有些犹豫，但还是决定接受腕轮，成为一名魔法少女。没想到变身的服装居然是泳装！？米咚更是不时对她作出性骚扰行为的欠扁生物……一场没有敌人的奇妙生活就此展开！

这个世界存在着一种被称为“魔女”的人，她们隐藏自己的力量，在世界上平静安逸地生活着。她们有着自己独特的联络方式，偶尔召开一些会议，喝喝茶，赏赏花。倾听着地球的声音，了解自然的她们，为了想要融入人类的生活而在世界上团结努力地生活着。                                                                      　　由于长年累月过着人类的平凡生活，现在魔女的子孙们渐渐失去了魔法的力量。大多数魔女却非常高兴，因为在人间社会要是拥有“特异”的力量会招来什么样结果，大家都很清楚。但是好景不长，平和的日子终于被打破了……                                                                      　　被魔女们称为圣地的地方笼罩着瘴气，那其实是增加魔女们魔力的秘密媒介。生活在人间的魔女们，认为无用的力（魔法）只不过是一种绊脚石罢了，因此将它封印了起来。但是不知为何封印却被解开，瘴气向世界各地扩散着，有着魔女的遗传子的孩子们的魔力一起觉醒了……                                                                      　　最高干部的魔女们，决定向各地的小学派遣特使。将世界各地的还未接触过魔法的孩子们集中起来，传授给他们在人间生存以及自卫的法术。持有魔女的遗传子的孩子们，被称为了次世代魔女，即魔法少女。

　　成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

リズとの対決を経て自主退学を選択したレゴシは、コーポ伏獣での一人暮らしを開始。一方、青獣ビースターを辞退し卒業したルイは、父・オグマに向き合う決意を固める。キャンパスライフを謳歌するハルにも悩みは尽きず…。その頃、現役ビースター・ヤフヤは、殺獣に快楽を求める凶悪犯・メロンを追っていた。レゴシとメロン、交わるはずのなかった運命を結びつけたのは、レゴシの家族が秘めたある秘密だった…。