某一天，平静祥和的南葛市迎来了一名新的成员，他叫大空翼，是一个热爱足球的小学生。身为船长的父亲常年出海，足球就是他最好的玩伴。在此他结识石崎、大姐头等真诚的玩伴，也遇到了球场上最初的对手若林源三。随着大空翼的加入，往常在球场上名不见经传的南葛小学开始崭露头角，最终得以进入全日本少年足球大赛。在这里，大空翼遇到了无数强劲的对手，三杉淳、立花兄弟、若岛津健、日向小次郎。他们不仅是技战术精湛的强悍敌手，更是大空翼日后率领日本队征战全世界时最亲密的伙伴。少年们在烈日下尽情挥洒喜悦的汗水…… 本片根据高桥阳一同名漫画改编。
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
他为了能够死亡，选择了侦探之路…… 时值2030年代。聚集于谜之侦探·明智小五郎身边的「少年侦探团」，他们凭借着自己的行动力，解决了许多大大小小的事件。 某一日，成员之一的花崎健介与谜之少年·小林芳雄相遇了。由于「不明雾霭」而成为了“死不了”体质的小林，渴望着自身的死亡，拒绝着与他人的接触。 对着这样的小林抱有了兴趣的花崎，向小林提案「加入『少年侦探团』吗」。 小林与花崎，他们的相遇终是与世纪罪犯·怪人二十面相和明智小五郎之间的因缘相缠结，他们两人的命运就此转动…
