NEWGAME1

　　位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

在不远的未来，海平面原因不明地急速上升，导致了地表多数都沉入海中。 小时候因为事故而失去一条腿的少年斑鸠夏生，厌倦了都市的生活，移居到了海边的乡村小镇。 曾经身为海洋地质学家的祖母留给他的，就只有船、潜艇还有债务。 夏生为了取回“失去的未来”，潜海前往据说沉睡着祖母遗产的海底仓库。 在那里，他遇到了一位沉睡在如同棺材一般装置中不可思议的少女“亚托莉”。 她是一位构造精密到与人类别无二致，而又感情丰富的机器人。 从海底被打捞起来的亚托莉如是说道。 “我想完成主人留给我的最后的命令。在此之前，我会成为夏生先生的腿！” 在一个逐渐沉入海中的平静小镇，少年和机器人少女的难忘夏日就这么开始了。

エインズワースとの激闘からひと時の休息。美遊を救出したイリヤたちは、平行世界の衛宮士郎から美遊の過去、この世界で起きた聖杯戦争のことを知らされる。それは美遊の悲しい運命であり、美遊のために兄・士郎が命を賭して歩んだ壮絶な戦いの物語だった。人類の救済のために美遊を犠牲にするエインズワース。美遊のために世界の敵となると決めた士郎。相容れない２つの正義に、すべてを守ると誓うイリヤ。「助けるよ。私はみんなが助かる道を探すって決めたから！」。大切な人たちと笑いあえる明日を作るために――。魔法少女たちの戦いが、再びはじまる……！