在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
いまだ人と、人ならざるものの世界が、分かたれてはいなかった古の物語。 リュドシエル率いる〈光の聖痕（スティグマ）〉と魔神族による聖戦は、ブリタニア全土を巻き込み激化。 3つの戒禁を取り込んだエスタロッサは暴走し、エリザベスを連れ去った。 キング、ゴウセル、ホーク、そしてサリエルとタルミエルはその後を追い、天空演舞場跡へとたどり着く。 一方、キャメロット城では、新たなる魔神王になると決めたメリオダスが、 暗黒領域の繭の中で着々と戒禁を取り込み続けていた。 メリオダスの魂を救うために自ら煉獄へと身を投じたバンは、常人では決して生きられない瘴気の中を彷徨う。 明かされるエスタロッサの正体。 決壊するゴウセルの禁呪。 数多に絡み合う思惑の行く先は。 真の敵は誰なのか。討つべき者は何なのか。 “永遠の生”と“永劫の輪廻”という運命に抗い、3000年の旅を続けてきた、メリオダスとエリザベス。 二人の旅路は、どのような結末を迎えるのか――。
持田哲志和好朋友们因为准备文化祭而留在学校，他们七人玩起了讲鬼故事的游戏，不久老师带着哲志的妹妹来了，催他们回家。临走前，喜欢鬼故事的班长提议他们用咒符玩“幸福的幸子”，来祈祷他们七人友谊永存，永远在一起。然而当他们举行完仪式，奇怪的事情发生了，教室突然猛烈摇晃起来，一阵巨响后地面轰然坍塌，所有人都掉了进去。 等他们醒来后，发现自己身处一个古旧的小学校舍里，这所废弃学校门窗紧闭，恐怖诡异。直美发现了昏迷的世以子，二人随后一起行动，企图离开这个可怕的校舍。但是更可怕的事情在后面等着她们，受害者一个个地出现。在这所名为“天神小学”的古老学校里，究竟是谁操控着这一切……
以635米的高度为傲、可以俯瞰东京街景的铃木塔竣工。前往参加其开幕仪式的柯南等人，从眺望台上享受着绝美的景色。就在此时，一发子弹击碎了窗户玻璃，打穿了一个男人的胸膛。案件发生于一瞬之间，完全搞不清到底发生了什么，小兰与少年侦探团都陷入了恐慌。 柯南立刻利用追踪眼镜的望远镜功能，沿着弹道发现了一个黑色的身影。“从那么远的距离进行狙击，怎么可能？！”柯南马上与女高中生侦探世良真纯乘坐摩托车追赶逃走的狙击手，意想不到的是狙击手居然连警察的巡逻车都打算一起炸掉，整个追踪过程都被其玩弄于股掌之中。结果，这场激烈的追踪将FBI也卷入其中，犯人以及狙击事件的谜团都消失在了大海里。 于是柯南和世良协力，而警察和FBI合作调查此案，终于查出了美国海军特种部队“海豹突击队（Navy Seals）”的存在。其实这起狙击事件不过是接下来将发生的大混乱的第一步！与此同时，住在工藤新一家的神秘研究生冲矢昴也不动声色地秘密行动起来……
