一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。
时间要追溯到一千八百多年前，与我们所熟知的实际的中国历史不同的、另一个时空下的幻想古代中国（扯）。那里，是很多英雄争夺霸权的战乱世界。与这样纷争的时代相抗衡的，有一个被成为“深红的武士”的义贼在孤独的战斗着。他的名字叫做陆逊伯言。与老师诸葛孔明一起周游列国的他深深的在为这个悲凉的世界而担忧着…… 某日，陆逊与孔明一起卷入到了江东小霸王孙策率领的吴军和大陆最大势力的魏军的战斗中。对於弱小的吴军而言，魏军拥有压倒性的兵力，谁都不会怀疑魏军会在战争中取胜。然而，为了取得战争的胜利，孙策使用被封印的“力”。在凶猛同时不祥的“力”的波动下，陆逊被封印起来的记忆觉醒了！那是因为孙策力量的来源正是陆家代代相传的“玉玺”，他杀掉了陆逊的父亲强行将“玉玺”掠夺到手。 一切纷争的元凶就是“玉玺”！而那个“玉玺”正是陆家代代相传并保护着的东西！面对踌躇的陆逊，孔明说出了令人感到悲哀的离别的话语：“去为吴效忠”……对於陆逊而言，老师孔明就是他的全部，在这个战火纷飞的世间，老师一直守护在自己身旁，为何，却又要让自己去投奔杀害自己父亲的敌人？！满怀不解的陆逊随即也踏上了前往吴国的旅程……
住人公是一个名叫饭冢和人的中学生，除了酷爱动画片他与别的少年没有丝毫不同。某个雨天，和人的注意力给一只被遗弃的可爱"小狗"吸引了，幸好得到一个言行举止怪异的少女七濑成惠(父亲是到地球侦查的外星人，母亲侧是地球人的星际混血儿七濑成惠，由于出身特殊，成长过程的14年的中一直过着没有朋友的生活，)及时出手相救才幸免被外星怪物所伤，于是开始了他们的交往生活。后来饭冢和人才意外发现成惠是个在地球上长大的外星人。她拥有瞬间移动的特殊能力。第一次的约会，和人在丸尾的指导和跟踪下开始行动。虽然事情的进展和丸尾所说的有极大的差别，但在和人的努力下最后还是赢得了成惠开朗的笑容。随着感情的上升，成惠要求到和人的家里，这使得他大为惊喜。可惜不幸被成惠看到他的成人刊物，在匆忙扯开话题后二人开始看动画片，感觉到很开心的成惠对和人送了一份特别的礼物。以七濑成惠与饭冢和人两人为主轴的恋爱故事，就此展开了…
故事发生在庞大辉煌的CLAMP学院之中，作为学生会长，妹之山残（冈村明美 配音）拥有着拥有着十分强烈的正义感，一直以来都热心坚定的帮助着遭遇到不幸的人们。不仅如此，身为女性主义者的他对于女性所承受的不公更是尤为上心。 妹之山残的手下有两名得力干将，他们是出生于忍者世家的鹰村苏芳（新山志保 配音）和拥有着双重身份的伊集院玲（南央美 配音）。沉默内敛的苏芳文武双全，在心中默默许下了保护残的约定，而玲表面上看来不过是一介普通的小学生，真实身份却是大名鼎鼎的怪盗千面人。三人共同组成了名为“CLAMP学院侦探团”的团体，为了调查学院中的种种事件而做着不懈的努力。
