在网路上，突然出现了一只数码蛋，这只蛋破壳后，出生了一只数码宝贝，它疯狂地吞噬着整个电力网络系统，给电力网络运行造成了重大影响，而且它不断地进化，食量也越来越大。太一在开始的时候和素娜吵架了，阿和和阿武外出了，美美去玩了，阿助……只有光子郎和太一在，阿武和阿和找到了电脑来支援太一，后来那个数码宝贝又一次进化了！这时候，发生了一件意想不到的事情……
江户时代末期，在那场惨烈的战争结束后，幕府认输了，天人逐渐渗透到了江户居民的生活当中去，武士道的精神在慢慢衰落，当年骁勇善战的攘夷志士们，也都隐姓埋名得过起了隐居的生活。为了维持父亲的道场，志村新八（坂口大助 配音）和姐姐志村妙（雪野五月 配音）不得不辛苦的工作。为了生 存，在跋扈的天人面前，新八必须忍辱负重。某天，一个自然卷白毛的出现改变了新八的生活，他狠狠教训了欺负新八的天人，却也害得新八丢了唯一的工作。气急败坏的新八追随他的脚步来到了位于小酒吧二楼的“万事屋”，随后他发现，“万事屋”的老板，这个叫做坂田银时（杉田智和 配音）的男人，尽管表面上悠闲懒散，但是却有着一颗“坚决贯彻自己的武士道”的正直的心。银时雇佣了新八，在此之后，对这个时代彻底失望的新八渐渐认识了围绕在银时周围的，善良而美好的人们。 动画片改编自漫画家空知英秋的同名漫画，动画一经播出，立刻引发了“银魂”热潮，开创了“吐槽”与“热血”并存的新的动画类型。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
