——自由，是何等美丽，又是何等残酷呢 逃离了恩典农场的15个孩子。抛弃虚假的乐园、追求自由的他们，面临的是从未见过的植物和动物，以及追赶而来的“鬼”……外面的世界虽然美丽，但他们所面对的又过于残酷。但孩子们不会放弃。他们在来自“密涅瓦”的信息以及诺曼留下的一支钢笔的引导下，向着明天进发。为了实现前去迎接留在农场的“家人”这一约定。
故事发生在一个存在着魔力的世界之中，在这里，魔力只出现在年幼的少女们身上，随着年岁渐长，这种魔力会慢慢减弱直至消失不见。随着时代的发展和科技的进步，少女们身上这种神秘的力量获得了越来越多的重视和使用，而这些天真而又单纯的少女们，开始活跃在各行各业的前沿位置。某日，一种充满了攻击性的异形生物忽然出现，人们称之为“内伍罗伊”，当内伍罗伊的侵略有着越来越强劲之势头时，魔女们挺身而出。 开朗乐观的宫藤芳佳（福圆美里 配音）、实力强大雷厉风行的坂本美绪（千叶纱子 配音）、大大咧咧丢三落四的莉涅特（名冢佳织 配音）、自信满满高傲可爱的佩瑞妮（泽城美雪 配音），为了保护赖以生存的家园，她们随时做好了付出生命的准备。
人理续存保障机构·迦勒底，对于仅凭魔术无法看见的世界，仅凭科学无法计算的世界进行观测，为了让已被证明会灭亡于2017年的人类史存续下去，日夜持续着活动。 人类灭亡的原因，是在历史上数个地点突然出现的“无法观测领域”——“特异点”。 迦勒底唯一残存的御主·藤丸立香，与亚从者玛修·基列莱特一同介入这些特异点的事象，从而执行将其解明或破坏的禁断仪式——“圣杯探索Grand Order”。 这一次新发现的是第七个特异点——纪元前2655年的古代美索不达米亚。由结束了不老不死灵草的探索的“天之楔·贤王吉尔伽美什”所统治，以繁荣而自豪的乌鲁克之地，在三柱女神及众多魔兽的蹂躏下面临灭亡的危机。以及，通过前往过去的时间旅行——“灵子转移”而到达乌鲁克之地的藤丸与玛修，所遇到的是阻挡住魔兽猛攻的要塞都市·绝对魔兽战线，以及人们那即使暴露于威胁之下仍然拼命求生的样子。袭来的诸神与魔兽。以及对其反抗的人类——。 这里是人与神分道扬镳，命运的时代。跨越了六个探索Order的两人——藤丸与玛修所挑战的最后一战开始了。
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
公元2011年，美国佛罗里达州。空条徐伦在与恋人开车兜风时遭遇交通事故，之后因被人陷害而获刑长达15年之久。 她被关押在州立绿海豚街重警备监狱——别名“水族馆”。被逼到绝望边缘的徐伦，却通过父亲托付给她的吊坠而觉醒了体内不可思议的力量。 “这个世界上存在着比死亡更可怕的事情 而且这件事情将必定在这家监狱发生。” 这是出现在徐伦面前的神秘少年所留下的讯息。难以理解的事件接连发生。前来探监的父亲空条承太郎口中讲述的恐怖事实，以及一个叫做“DIO”的名字……
