《小济公》以当代少年儿童的心理与视角，用动画独特的视觉语言，讲述了我国著名民间传奇人物济公小时候发挥聪明才智、怀揣正义和勇气来扶弱济贫、助人为乐的故事。片中的故事情节颇为有趣，引人深思，让观众们在潜移默化中领悟到做人做事的道理。
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
故事发生在二千多年前的战国时期，秦始皇统一六国损兵达百万计，项燕兵败阵亡，少羽被困，高渐离、雪女、大铁锤赶来相救。兵败后，盖聂、墨家、项氏一族踏上逃亡之路。李斯进入儒家后，拜访先师荀子，荀子避而不见。同入儒家的少羽尊从法理少年老成，端木蓉由于被白凤所伤终日不醒，张良授计让天明与其对弈救木蓉。星魂对清秀的月儿产生浓厚兴趣反遭冷眼警告，月神把月儿带到东皇太一面前，东皇向她公布了自已的真实身世。少羽与天明观海时得知秦始皇要登临东海尽头的那座城市，暮色归途中又遇见流泪的石兰，交谈中少羽知道杀父仇人蒙恬来了，他该怎么办......
平凡的少女爱是随处可见的舞者。她一直看着自己的朋友町展现出舞者的才能并为此感到消沉，但有一天她发觉了町的才能的“秘密”。那是，被邪恶的法术变成手掌大小的天才们“恶偶”这一存在。只要持有恶偶，不论是谁都能成为天才。爱为了拯救成为制造恶偶的“裁缝师”的町，而成为了代代与裁缝师对立的“救济者”。
