真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
代表着中学网球的最高水平的全国大赛终于开幕了。虽然来自全国各地的好手云集，不过青学的部长手冢国光已经伤愈复出，他们的实力依然引人注目。青学第一场比赛的对手是六角中学与冲绳代表队比嘉中学的胜者。可是曾经与青学激战数场的六角中学，却在对手的进攻下被打得体无完肤。终于看破了对方秘密的六角队监督，却又遇到了一场被伪装成意外的人为事故而负伤！看到这肮脏的一幕，青学队员们怒火朝天却又无能为力。正在全场黯然的时候，刚刚在全美公开赛中经历激战的龙马回来了！ 但龙马却称自己是回来加油的，而不是参加比赛，这时大石提出和龙马决一胜负还决定参加比赛的人员，因为自己的手伤还没有完全恢复，最后龙马全胜大石，龙马代替大石参加了全国大赛。全国大赛上的各路高手皆不是泛泛之辈，青学的各位和超级新人越前究竟能否成功到达顶端呢......
ヴァンガードで運命大戦に勝利し、妹ヒカリの健康を叶えた明導アキナ。 運命者カードの所有者たちを招集したガブエリウスは、運命大戦の真の目的を明かす。 そして現れるもう一体のぬいぐるみ、シヴィルト。 6人の宿命者カードの所有者を引き連れたシヴィルトは、 勝利した者たちが願いを叶えられるという「宿命決戦」の開幕を宣言する。 運命vs宿命、因縁と思惑が交差する激しい戦いが始まった！
