故事的发生地是在一座名为星元市的小城市。 在市内的狮子尾山上，耸立着一个闪耀着彩色光芒的巨大物体，这个被命名为“摩诺之角”的物体，实际上是16年前“怪兽之日”事件发生之后就矗立在那里的“怪兽的角”。 在世界各地同时出现怪兽的“怪兽之日”事件发生之后，怪兽灾害开始变得日常。日本的地球防卫队开始以武力对付怪兽的同时，怪兽防灾科学调查所（统称SKIP Scientific Kaiju Investigation and Prevention center）也为了防止怪兽灾害的发生和受灾情况扩大，不断对各地区进行科学调查和避难引导。这个组织时至今日，还在不停地调查“怪兽之日”出现的原因和城市中的“摩诺之角”。 年仅7岁的“优马”在狮子尾山与父母露营时，遭遇了怪兽袭击，他奇迹般地生还并毫发无伤。以此为契机，“优马”踏上了研究怪兽生物学的道路。虽然有着痛苦的过去，但优马没有失去梦想，他依靠“想象的力量”成长起来，作为新手调查员加入了“SKIP”，被分配到了星元市分所。 就在这时，星元市发生了大规模的怪兽灾害。“想要保护眼前这些穷途末路的人们!”这个强烈而直接的想法从心底涌出的瞬间，“优马”的脑海中出现了儿时见过的光之使者“卢提昂”在和他说话：“我就是你，你就是我... ... 释放你的想象力!” 出现在手中的神秘之光包裹住优马的身体，释放出的想象之力将光与人结合在一起，守护未来的光之巨人“亚刻奥特曼”变身! 优马以及亚刻奥特曼与重要的伙伴一起，追逐着永不停歇的梦想，从现在开始奔跑!
第1话 告诉我，老师 草薙桂是住在某个乡下的高中一年级学生，他在某个夜晚目击了一艘宇宙船迫降於湖上的情形。隔天，他的班上新来了一个超级丰满的美女教师「风见瑞穗」，而瑞穗老师的新家刚好就在草薙家隔壁。小桂直到在帮忙她搬运行李时，才发现原来昨晚看到的外星人就是瑞穗，瑞穗虽然用尽各种方法急欲掩饰秘密，但是小桂却极力抵抗…… 第2话 我会娶不到老婆的 在非常凑巧的情况下，小桂与瑞穗两人被困在体育用具室里。密室中的尴尬气氛到最後却演变成无比的亲近感，小桂与瑞穗并分别透露了自己的秘密（瑞穗的真正身份是外星人派驻地球的监视员，而小桂则是罹患了一种会导致精神和肉体组织呈现暂时性假死状态的怪病）。两人最後虽然终於获救，但是却不幸被校长发现，为了摆脱校长的质疑，小桂於是便在大家面前说：「其实我是瑞穗的丈夫！」 第3话 这下糟了，老师 小桂与瑞穗因为之前所发生的事，被迫不得不真的要结婚了，这件事他们当然没有在学校公开，不过同学们（漂介、阿跨、小石、小枫、小莓）却注意到了小桂最近态度上的异常。小桂与瑞穗在阿实叔夫妇的见证下，於瑞穗的公寓里举行了小小的婚礼，并从此开始同居生活。但是没想到，漂介他们却刚好在此时跑来小桂家找他…… 第4话 或许真的喜欢她 同居了一个星期之後，小桂与瑞穗之间的感情产生了些许的变化。小桂为了要与小石去看电影，於是便取消了原本与瑞穗说好要一起念书的约定，瑞穗在看到小桂与小石出门後感到非常不安，於是便偷偷的跟在他们後面，但最後还是被小桂发现。对於瑞穗的行为以及她的藉口「这是阿实叔要我这麽做的」，小桂感到非常气愤，当他正打算骂瑞穗时，却突然病发陷入了停滞状态…… 第5话 这样的老师，我… 在阿实的安排下，小桂与瑞穗终於来到一个南方的小岛渡蜜月，在这里没有人知道他们的秘密。只是没想到，两人才刚到岛上就遇见班上的同学们和山田老师，害得小桂与瑞穗只得凡事保持距离，一个好好的蜜月就这麽毁了。更糟的是，阿跨在夜里走错房间爬到了瑞穗的床上，而且还毛手毛脚了起来，瑞穗以为是小桂回来了，不由得心跳加速红通了脸…… 第6话 从头开始 小桂原本计画利用暑假加深两人间的关系，但此时瑞穗的母亲「初穗」与妹妹「真穗」却突然出现了。对於小桂的存在，向来与姊姊很要好的真穗感到十分气愤，因而老是喜欢找小桂的麻烦，最後还把他赶了出去，於是小桂只好回头投靠阿实叔。然而小桂的灾难并未就此结束，真穗竟然企图利用她的传送系统把小桂转移到别的次元空间，让他从此永远在宇宙中漂流…… 第7话 老师不要哭 真穗始终无法理解姊姊为什麽会跟比她年纪小、并且看起来瘦弱无力的小桂结婚。真穗相信这背後一定有什麽原因，於是便开始跟踪小桂，最後竟然在放暑假的学校里看到小石与小桂亲昵的场面。瑞穗在知道这件事後伤心地独自啜泣，眼看着姊姊受人欺负，真穗的怒火终於爆发了！她一心盘算着如何将小桂传送到异次元空间…… 第8话 漫长之夜 第二学期开学了，瑞穗与小桂两人也从甜蜜的新婚恢复成日常的生活。小莓在发现小石非常羡慕小枫与漂介在一起之後，便开始怂恿小石向小桂告表白，而小桂此时正好因为一些小事与瑞穗吵架，为了刻意让瑞穗感到吃味，小桂於是答应了小石的邀请，并相约在火车站的月台见面…… 第9话 结束吧 小石向小桂表白被拒的事一下就传开了，小莓在得知消息後便把小桂找了出来，质问他拒绝小石的理由。小桂看到平时态度向来冷静的小莓竟然如此激动，心中不免感到些许困惑，但也只能诚实地告诉小莓自己的心情与想法，不料小莓却突然在小桂面前倒地不起。没错，原来小莓也跟小桂一样患有「停滞病」…… 第10话 可是 为了不让小莓继续停滞，小桂不但离开瑞穗搬回到阿实叔家住，还答应了小莓要与小石交往，但这种虚伪的行为与心情却逐渐腐蚀了他的心。瑞穗非常了解小桂的心情，尽管心里百般的不愿，却也只能默默的在一旁看着他们两人发展。直到亲眼目睹小桂与小石亲吻的场景，瑞穗终於无法抑制自己的悲伤，泪流满面地转身跑开，这时大家才察觉到小桂和瑞穗老师之间不寻常的感情…… 第11话 老师 小桂不愿承受现实世界的悲伤，因而再度陷入了停滞状态，任凭瑞穗用尽各种方法就是无法苏醒过来。小桂在昏迷中遇见一位少女，少女一直灌输他现实世界的种种不好，希望小桂跟她一起在永恒的世界中旅行，所幸对於瑞穗老师的牵挂终究还是使小桂回心转意，决定回到有限的现实世界。然而，当小桂苏醒後，瑞穗老师却已经不见了…… 第12话 再一次，老师 瑞穗犯了职务上的大忌，因此被银河联盟高层强制送回本部，并且受命不得继续监看小桂的一举一动，而小桂的记忆也被强制封锁，完全忘记了瑞穗的存在。一年後，瑞穗在母亲和妹妹的协助下强行重返地球，并再度当上了小桂那一班的导师，然而这时候的小桂根本不记得她，一切反应与初见面的陌生人无异，瑞穗为此伤心欲绝…… 第13话 秘密的俩人 小桂最後终於恢复了对瑞穗的记忆，小俩口又像往日般幸福地生活在一起，小桂也更确定了对瑞穗的爱。只是好景不常，初穗和真穗突然又跑来地球，而且这次是冲着小桂而来的，因为她们两人也都喜欢上了小桂，於是纷纷使出浑身解数来纠缠、诱惑小桂。面对初穗与真穗绵密的攻势，小桂已经慌得不知该如何是好，而瑞穗为了抢回自己的丈夫也不惜与初穗翻脸。这一切已陷入了无法言喻的混乱……
2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即 GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。 另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。 2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源渡开始执行“碇源渡版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。 2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种巨型人形生物“使徒”开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源渡秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源渡的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。 Director's Cut版本的第21～24集由剧场版《Death》篇剪辑而成，收录在20周年纪念版的蓝光中。
故事的主人公露恩·芭洛特是生活在马杜克市的未成年妓女。 经营着赌场的野心家榭尔捡到了无依无靠的她之后，给予了芭洛特一切。虚假的出身、虚假的过去和现实，彻头彻尾的简直像要重新书写一个人的人格一样。芭洛特学会了把自己的心封闭在壳里，渐渐的习惯了日复一日封闭自己的生活。 芭洛特明知道自己应该感激给予自己一切的榭尔，却又忍不住想知道自己是谁。一旦想起悲惨的过去，却只能感激现在的一切。有一次，芭洛特忍不住用计算机搜索到了自己的经历。这一次的过错，改变了她的人生。榭尔在知道了她的举动之后，决定将她烧死。 芭洛特在死亡线上挣扎了一圈之后终于保住性命。马杜克市事件的负责人乌夫库克博士将她全身的皮肤用强化纤维再造，使她活了过来。然而她却不得不面临新的选择，马杜克市有一个法令，以保护人命为目的的紧急法令——马杜克紧急法令09：使用法令禁止的科学技术所特别许可的特殊能力。芭洛特是否能得到这种能力，她又将如何生存下去？她的存在价值，她被杀的原因，她将直面这一切残酷的事实。
残酷的地下格斗继续进行着。 王马第一战虽然赢了，但接下来就要面对吴之一族的强悍对手。王马将要如何杀出重围？
