故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
「我还是第一次看到，有人能将浮游魔法使得如此收放自如。」「这一点也不难，只是大家都没尝试过罢了。」拥有当代社会无法衡量的超规格魔法技术，却保持谦虚态度生活的青年‧亚连，在恩师的委托下，以家庭教师的身分前去指导『用不了魔法』的公爵千金‧蒂娜。面对这名已被无数人放弃的少女，不打算死心的亚连所传授的课程是──「就我个人认为，魔法并不是人类以操控魔力的方式施放，而是向精灵借用力量罢了。」亚连的魔法课程内容颠覆了常识。在谆谆善诱后，亚连解开了封印在蒂娜身上的谜团，而这也是向世界掀起革命的师徒传说开端！
仁岁千岁（岸尾大辅 配音）自幼失去了父母，在孤儿院里长大，成人后，他住进了父母留给自己的房子里。偌大的屋子内，常年只有他一个人在走动，这份孤独狠狠侵蚀着他的内心，让他常常处于孤独之中。 某日，五名个性迥异的老师们住进了千岁的房子里成为了千岁的房客。情绪波动非常大的爱哭鬼一文字睦月（浅野琉璃 配音）、沉默寡言面无表情的二之舞如月（木村亚希子 配音）、身为保健老师同时也是剑道高手的三世院弥生（井上喜久子 配音）、个性开朗充满了活力的四天王卯月（古山贵实子 配音）和运动健将五箇条五月（笹岛芳 配音），这五位老师的出现带给了千岁人生新的希望。
阳光明媚的一天，碧海蓝天，海鸥飞翔，在一座植被茂密的小岛上，漩涡鸣人、佐助、小樱以及井野、志乃登一众下忍没有任何修炼任务，而是悠哉游哉地坐在海边举行烧烤聚会，只不过这群性格别扭的家伙却分坐在不同地方，各自为政。超级贪吃的漩涡鸣人意外在沙滩下发现一支普普通通、破破烂烂的瓶子，他随手打开瓶盖，却从里面喷出一股浓郁的烟雾。烟雾散去，一个身形巨大的怪大叔出现，他就是传说中的壶中魔神，可以满足人们三个愿望。 鸣人他们起初并不相信魔伸的说法，但在见识了对方的法力之后，却不由得佩服起来。可惜他们有意无意浪费了两个愿望，而今只剩下最后一个，各怀私心的下忍们在岛上展开了一场激烈的争夺战……
在一场毁灭性的世界大战后，地球只剩机器人们和唯一人类女性存活着，而这少女名字就叫做『遥』，在其身旁有五位机器人们的相伴。而对于醒来之前的记忆都没有的遥，为了寻找其失去的记忆而离家出走，却遇到了同样是人类的少年卡那特……那么，人类真的就只剩下他们两人了吗？还是说，人类已经去了别的星球？
