五千年前，对于修行有着无数憧憬的少年，却因体质特殊而无法突破炼体期，进入下一个修炼境界。他从远古神话时代一直修炼到了现代社会，站在繁华都市中，炼体期九万九千四百四十二层的轩辕铭。给自己定了一个小目标：先修炼到炼体期十万层！
《神兽金刚2天神地兽》是一部具有浓郁中国特色的原创国产动画。它以中国文化为背景,大量运用中国传统神话与经典著作《山海经》中的奇山异兽,充分表现神话人物性格特征,展现了中国悠久灿烂的文化和五千年文明历史,众多新元素的加入为全片增添了奇异瑰丽的中国色彩。故事讲述了用爱和正义遏制邪恶,邪不胜正的故事,告诉孩子们,爱和正义是不可战胜的,秉着寓教育于乐趣中的理念。
故事以凹凸学园的初中部与高中部为舞台，描写围绕着刚升入高一的新生——金与他身边的同学之间，轻松有趣的搞笑向日常生活。 凹凸学园里有着形形色色性格各异、古怪却也不失可爱的学生，而本作采用平行式的单元小故事讲述，用萌系Q版人物、声优的诙谐演出及别具一格的画面效果，将最轻松真实的学园生活展现给观众。
