数学荒岛历险记3是《荒岛历险记》数学系列的第三部作品，是一部凝合了数学科普教育与少年励志为创作主题的动画连续剧。故事承接了第一部和第二部的剧情。讲述了博士只做了3分钟“世界之王”，就立马被打回原形了。原来愿望之码一旦被激活，便可掌控自己的意愿，它告诉大家，要想获得真正的愿望，必须要比赛答题。答对1道数学题，可以实现1个3分钟的愿望，答对8道数学题，可以实现1个永久愿望。 由此，博士和罗克双方才开始真正的较量。国王、花花、依依、小强等荒岛伙伴能适应地球的新生活吗？罗克和UBIQ又会如何迎接新挑战，解除荒岛危机呢？而博士也拉拢了一个新帮手，博士经典的愚蠢阴谋功力会不会大增呢？摆脱各方控制的愿望之码，又将会有怎样令人称奇的表现？新危机，新挑战，新故事，一场全新的数学较量马上就要展开了。
平凡少年韩立出生贫困，为了让家人过上更好的生活，自愿前去七玄门参加入门考核，最终被墨大夫收入门下。墨大夫一开始对韩立悉心培养、传授医术，让韩立对他非常感激，但随着一同入门的弟子张铁失踪，韩立才发现了墨大夫的真面目。墨大夫试图夺舍韩立，最终却被韩立反杀。通过墨大夫的遗书韩立得知了一个全新世界：修仙界的存在。在帮助七玄门抵御外敌之后，韩立离开了七玄门，前去墨大夫的家中寻找暖阳宝玉解毒，并帮助墨家人打败了敌人。通过墨大夫之女墨彩环的口中得知太南小会地址，韩立为追寻修仙人的足迹决定前往太南小会，拜别家人后，韩立来到太南谷，结识了一众修仙人士，正式展开了自己的修仙之旅。
时间倒退回星猫一行人去机械国之前，他们已经找到了白羊座星球战士卷毛，搭火车前往机械国，又找到水瓶座星球战士怪卡。黑魔王不甘示弱，使出分身，大肆破坏天神星，星猫一行人也遭到重创。在关键时刻，仙女姐姐于关键时刻出现，但魔杖却失灵了。
秦羽飞升进入仙魔妖界，因机缘遇见了柳寒舒，在他身上看到了之前的自己，决定收他为徒教他保护自己的方法，但因为宝物星图与柳家和玉剑宗结下梁子，最终以柳寒舒的死亡拉开序幕，秦羽走上与强大对手的对抗之路，努力刻苦修炼，让自己变得更加强大，坚持自己中心的正义之道，也想守护自己在乎的人。三兄弟飞升别离，为寻好兄弟，秦羽踏上了漫漫长路，究竟小黑与侯费在何处，他们能否再次重逢。
她年纪轻轻就被推上了皇位，而她在朝中的名声极差——不学无术，强抢民男，她也是太傅眼中的扶不起的阿斗。色厉内荏，为帝时，表面上看起来有气势，实际上容易一秒怂，内心戏很多，喜欢吐槽。看起来荒淫无度，实际上内心纯洁，仅仅是喜好美男。不爱学习不用功，于治国上没兴趣，喜好玩乐，所以后来被人设计，流落民间，被男主所救，努力假装自己不过是女帝的替身。
赵祁重生到了战国时期。正值于秦始皇嬴政开启扫六合，统天下之时。毅然入伍从军，没想到竟然开启杀敌升级系统！赵祁一步步成为了大秦锐士的统帅，当看到秦始皇后，顿时惊了，自己竟然是始皇之子，大秦长公子！
