神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
五千年前，对于修行有着无数憧憬的少年，却因体质特殊而无法突破炼体期，进入下一个修炼境界。他从远古神话时代一直修炼到了现代社会，站在繁华都市中，炼体期九万九千四百四十二层的轩辕铭。给自己定了一个小目标：先修炼到炼体期十万层！
红小豆是一颗梦想着被吃掉的红豆，日常是在甜品里上班，在翘班的那些日子里，红小豆遇到了一些“奇奇怪怪”的朋友，才发现原来食物的悲欢并不相通。
子阳宿舍四人正遭遇了游戏中一次诡异的失利，正当大家互相指责的时候，盾山出现在了宿舍门口。盾山给一头雾水的四人带了一些不好的消息，来自另一个时空的宪哥说明了缘由，四人盘算了一下决定帮助宪哥，子阳、丧彪、东城、阿银由此开始了一段离奇的冒险。
被撤职的锦衣卫袁小棠与青梅竹马的方雨亭为寻找父亲失踪的线索潜入鬼街、在朋友石尧山等人的帮助下，一路逛鬼街、破机关、遇各路神秘人物……乱斗与阴谋轮番上演，随着旧事的重提，一切谜团都渐渐有了答案。
