《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
强红线仙组合强势回归，帮助“下沙篇”主角梵云飞、厉雪扬寻找失落的记忆。
天下第一剑客盖聂（刘钦 配音），带着已故挚友的儿子荆天明（冯骏骅 配音），一路颠沛流离，只为了躲避秦王的追杀。在以一人之力击退了秦王派出的三百骑兵之后，荆天明在盖聂的身上看到了真正的侠肝义胆。此事传到宫墙之内，秦王大怒，命令宰相李斯（游军 配音）一定要将他们两人除之而后快，于是，李斯找到了盖聂曾经的同门师兄手下败将卫庄（吴磊 配音），想借他之手，完成自己的使命。 卫庄派出了手下四大天魔王一路袭击盖聂，而盖聂和荆天明则获得了少羽（沈达威 配音）、高月（黄怡晴 配音）和墨家众人的鼎力相助，屡屡死里逃生。最终，卫庄将盖聂一行人逼至绝境，只为了能够再同他比试一场。
该作是中国首部玄幻武侠动画。 在神坠试练的过程中，辰月、千钧、游不动及碧婷等等少年侠岚们，凭借自身的实力、超群的智力以及强大的凝聚力，不断地进行着自我的提升，并通过比赛，巩固了友情。可就在神坠试练正进行得如火如荼的时候，山鬼谣竟然将零引进了玖宫岭，欲抢夺玖宫岭的至宝——侠岚神坠，大战一触即发。
腼腆内向的小羊驼三三来到新的地方生活，遇到了什么都不放在心上的外星生物饼干鱼，以及内心脆弱、外表凶悍的寄居蟹蟹麻麻。一群小伙伴从看似舒适的壳中走出来，在找寻自我的同时，邂逅了更多的友人，在平凡的生活中收获了无数温柔。一颗“流星”撬动了某条凝滞已久的世界线，开启了“有问题”的新故事。
