53.满天都是小星星(上) 54.满天都是小星星(下) 55.儿童节的礼物 56.早餐吃什么? 57.超级妈妈好爸爸(上) 58.超级妈妈好爸爸(下) 59.朋友与宠物(上) 60.朋友与宠物(下) 61.没有电的日子 62.健康哥哥的周末 63.听爸爸讲故事(上) 64.听爸爸讲故事(下) 65.音乐是什么? 66.妈妈的吸引力 67.新同学老朋友 68.霸王龙在行动(上) 69.霸王龙在行动(下) 70.赚钱不容易(上) 71.赚钱不容易(下) 72.给牛爷爷一个惊喜 73.离家出走 74.鹦鹉学舌 75.帮妈妈打工 76.游戏的诱惑 77.欢乐国庆节(上) 78.欢乐国庆节(下)
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
故事讲述的是受到指令机的召唤天乐与美美一起来到了彩虹国，为了拯救这个世界，他们与指令宝贝红宝开始了一段奇幻的冒险之旅。在这个旅程中他们了克服各种困难，结识了更多同伴，最终凭着友情、爱与正义的力量拯救了彩虹国。
