《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
三年之约后，萧炎终于在迦南学院见到了薰儿，此后他广交挚友并成立磐门；为继续提升实力以三上云岚宗为父复仇，他以身犯险深入天焚炼气塔吞噬陨落心炎……
爹不疼娘不爱，同学老师也不待见的怂包戏精少女袁娜娜，居然被新搬来的冷酷凶恶大叔给盯上了！好怕哦，但是还要保持微笑~可谁知道这大叔居然还有神反差的一面……看这两个性格迥异的家伙会擦出怎样爆笑治愈的火花！
妲己是一只可爱的小狐妖，因受女蜗娘娘召唤，受命来到纣王身边。然而妲己感动于纣王的真心相待，在三千年后来到现代，找寻纣王的后代报恩。小说家君亦辰是纣王的一个后代，他从小到大经常受到噩梦的困扰，妲己化名灵雨，成为君亦辰的室友，时刻保护着君亦辰，帮他赶走那些纠缠的噩梦，并帮助君亦辰成为更好的自己。
子阳宿舍四人正遭遇了游戏中一次诡异的失利，正当大家互相指责的时候，盾山出现在了宿舍门口。盾山给一头雾水的四人带了一些不好的消息，来自另一个时空的宪哥说明了缘由，四人盘算了一下决定帮助宪哥，子阳、丧彪、东城、阿银由此开始了一段离奇的冒险。
正值情窦初开之时的公主，以为自己的心上人是付望舒，却可惜无缘亦无份。而另一边，九皇叔和她虽以叔侄相称却并无血缘关系。皇叔对于她来说，亦师亦友，且两人年龄相差无几，可谓青梅竹马，两小无猜。可孟玉珥一开始却没意识到九皇叔的一往情深，爱他念他也不自知，毕竟辈分不对。
