1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
2010年，超级大国“布里塔尼亚帝国”（Britannia）为了夺取日本的地下资源而侵略日本，在布里塔尼亚帝国强大的兵器Knightmare进攻下，日本在不到一个月的时间内被征服。日本被剥夺了自由、权利甚至是国家的名字，布里塔尼亚帝国将“日本”改称为“11区”，“日本人”这名词则被11这数字所取代。表面上看来布里塔尼亚帝国的统治似乎牢不可破，但其中早已出现了裂痕。 七年后的2017年，在生死边缘获得“Geass”的力量，立志要粉碎布里塔尼亚帝国的黑色皇子鲁路修，以及获得第七世代人型机甲兰斯洛特，立志从帝国内部进行改革的白色骑士枢木朱雀，影响了整个世界。
「鳴海孝之」，是白陵柊学園面临考试的高3学生，但是他和很多同类作品的主角开始时一样，每天平平凡凡（难听一点是颓废）地生活。他的朋友有死档「平慎二」，还有是该校游泳部的主力队员「速瀬水月」。「鳴海孝之」和「速瀬水月」一直是好朋友的关系…… 有一天，「鳴海孝之」与一位短发少女邂逅了，她叫「涼宮遙」。原来她一直对「鳴海孝之」抱有好感，后来在「速瀬水月」的穿针引线下，她告白成功。 他们之间的恋情如夏季的气温急升，但同时，有一个人的内心也因「鳴海孝之」而颤动，她就是「速瀬水月」。 在暑假快结束的一天，当「鳴海孝之」赶去和「涼宮遙」的约会时，在路上遇到当天生日的「速瀬水月」，「鳴海孝之」还买了一只戒指给「速瀬水月」作为生日礼物，但就是这么一留，当「鳴海孝之」赶到约会地点时，他看到的是一个倒在血泊中的短发少女…… 3年后，「鳴海孝之」成为一个侍应，而「速瀬水月」放弃了游泳成为了一位OL，两人过着半同居生活。一天，「鳴海孝之」收到一个电话，告诉了一个消息：3年前因车祸而昏迷的「涼宮遙」醒了，但是她的记忆仍停留在3年前… 一个是曾经热恋过的女孩，一个是现在的同居女友，「鳴海孝之」面临了一个影响3个人命运的交叉点…..他会何去何从呢？
本作の舞台は、5月4日に放送がスタートするテレビアニメ7期と同じく、ヒーローと敵＜ヴィラン＞の戦いによって荒廃し、敵＜ヴィラン＞収容施設から脱獄した者・ダツゴクが蔓延る社会。デクたちヒーローと敵＜ヴィラン＞の最終決戦の直前、世界を揺るがす大きな事件が巻き起こる。
