祖父のもとを訪れた地図子は、 街を守る魔法少女・ベリーブロッサムと出会い、たちまち夢中に。 しかし、敵対する悪の組織「フォッサマグナ」総帥・クロマの攻撃が あまりにもパッとせず、２人の戦いは見応えゼロ。 もっと、ベリーの活躍を愛でたい地図子はモヤモヤを募らせていく・・・。 「魔法少女をもっと輝かせたい・・・強いてくれ、苦戦を！」 その欲望（？）が、内気な少女を悪の路に導いてゆくー。
现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。 那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。 Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体， 在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。 但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦” 化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统， 企图从网络一侧控制人类的世界。 主人公少年·新海春， 获得了被伟大的意志引导的“App驱动”， 并使来自“App芯片”的搜索App·GATCHIMON实体化了。 隐藏在“App驱动”中的谜团， 处在Appmon所潜藏的网络世界与现实世界之间的不可思议的“场”， 以及2只Appmon进化的“App合体”到底是什么？“利维坦”真正的目标究竟是……！？ 爱好读书的少年春，与搜索App的怪兽·GATCHIMON这一对凸凹组合， 奔驰于现代世界的新感觉搭档物语， 现在启动！
小国、威尔贝鲁国的丽塔公主为了避免战争，本来应该与大国、圣卡托兰斯国的肯尔尼亚王子政策结婚。但是丽塔却因为刺伤肯尔尼亚，并在之后与盗贼蒂娜一起从城堡里逃出。此事激怒了圣卡托兰斯国的国王，他要求在期限内将丽塔处刑，否则将发动战争。被悬赏中的丽塔与蒂娜、妖精雪莉、人工智能战车吉拉诺・德・波路杰拉克一起带着调停要求的状子往中立国、葛林达姆国逃亡。他们在途中经历各种困难，被肯尔尼亚的部下骑士盖拉哈德和赏金猎人追踪著。在旅程耽误的期间，从伤势中恢复的肯尔尼亚命令圣卡托兰斯国的精锐部队逮捕丽塔公主。在无法自由行动的状况下，被追的走投无路的丽塔，可以在期限内逃进目的地并活下来吗？同时，可以避免开战吗？
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
