15世紀のヨーロッパ某国。飛び級で大学への進学を認められた神童・ラファウ。 彼は周囲の期待に応え、当時最も重要とされていた神学を専攻すると宣言。 が、以前から熱心に打ち込んでいる天文への情熱は捨てられずにいた。 ある日、彼はフベルトという謎めいた学者と出会う。 異端思想に基づく禁忌に触れたため拷問を受け、投獄されていたというフベルト。 彼が研究していたのは、宇宙に関する衝撃的な「ある仮説」だった――。
“这里……是哪儿……” 察觉到的时候，桐人不知为什么陷入了庞大的幻想风格虚拟世界。登录前的记忆模糊不清，只得在周围徘徊寻找线索。 之后，来到漆黑的巨树“基家斯西达”旁边的他，同一名少年相遇了。“我的名字是尤吉欧。请多关照，桐人君。”少年是在虚拟世界的居民――即“NPC”，但是却如同人类一样拥有“丰富感情”。 在和尤吉欧加深交往的同时，桐人也在摸索着登出这个世界的方法。在桐人的脑海中，某一个记忆苏醒了。那是幼年时的桐人和尤吉欧在山野奔跑的记忆――原本，不可能存在的记忆。而在那个回忆中，除了尤吉欧还有一个金发少女的身影。她的名字，是爱丽丝。绝对不应该忘记的、重要的名字。
本来是贸易公司社畜的一宫信吾，在一觉醒来之后竟然发现自己转生来到了异世界，成为了贫穷贵族家最小的孩子威德林（榎木淳弥 配音）。虽说自己的身份是贵族，但威德林的日子却并不好过，他既无法继承领地，又不擅长使用魔法，威德林必须依靠自己的力量迅速强大起来，才能够为自己在这里挣得一份光明的前途。 好不容易迎来了12岁的生日，威德林进入了冒险者预备校就读，并且在误打误撞之中取得了男爵的封号。温柔可人的艾莉丝（西明日香 配音）、开朗活泼的露易丝（三村有己 配音）、个性认真的伊娜（小松未可子 配音），威德林很快就在这里交到了朋友。
高度发展的都市，拉塞尔市。 在讴歌繁荣的这座城市中，动摇这个世界的巨大阴谋开始启动—— 立刻察知阴谋动向的男人·索德，为了揭露阴谋而投身于不为人知的战斗当中。但他得到的线索却只有“El Dorado”这样的关键字而已。 在战斗当中，索德遇到了一位名叫索菲的少女。索菲也在寻求着失踪的哥哥留下的讯息“El Dorado”的含义。 索菲失去了哥哥，而索德也有过失去妹妹的过去。被“El Dorado”这一字句所吸引的两人，从对方身上感受到看不见的羁绊，并开始一同行动。 就这样，各自的心意交错的旅程开始了——
故事发生在秀知院学园之中，只有在智商上非常顶尖的少年少女们才能够获得进入这所学园学习的资格，而在学园的学生会中，更是汇聚了就算在这间学园里也能算得上是数一数二的精英们。白银御行（古川慎 配音）是学生会的会长，虽然出生在贫穷的家庭之中，但他凭借着自己的极端努力在学生中脱颖而出。 同样优秀的，还有副会长四宫辉夜（古贺葵 配音），虽然各方面都属拔尖，但她的性格却给人一种冷淡的感觉。实际上，白银和四宫在情感上相互吸引着，只是他们谁都不愿意首先迈出第一步，而是想方设法逼迫对方行动，一转眼半年过去了，两人的关系可谓是毫无进展，这可怎么办呢？
这是，人类与超越人智的存在之间的诀别与共存的故事。 社会上的大部分都交由名为hIE的人型机器人管理的世界。 17岁的少年·远藤新人，某天与一台人型机器人·蕾西亚相遇，并与之缔结了主从契约。外表与人类一模一样的“那个物体”，是具备震惊世界性能的超高性能AI所诞生出来的，超越人智的五台人型机器人“人类未到产物”之一——。 五台机体各自拥有自身的意义，为了得到对方的性能而开战。 仅仅只能旁观这场战斗的大人们，与接近这一存在、试图建立新的关系的少年们。他们寻求着通向未来的选择，以及人类与物体之间关系的答案——。 过度进化的机械，与人类世界的联系是什么？ 在过于便利的这个时代，什么是重要的，什么是必要的，新人通过与远优于人类的人型机器人·蕾西亚的相遇，寻求着通向未来的选择，以及人类与物体之间关系的答案——。
