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现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。                                                                      　　那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。                                                                      　　Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体，                                                                      　　在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。                                                                      　　但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦”                                                                      　　化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统，                                                                      　　企图从网络一侧控制人类的世界。                                                                      　　主人公少年·新海春，                                                                      　　获得了被伟大的意志引导的“App驱动”，                                                                      　　并使来自“App芯片”的搜索App·GATCHIMON实体化了。                                                                      　　隐藏在“App驱动”中的谜团，                                                                      　　处在Appmon所潜藏的网络世界与现实世界之间的不可思议的“场”，                                                                      　　以及2只Appmon进化的“App合体”到底是什么？“利维坦”真正的目标究竟是……！？                                                                      　　爱好读书的少年春，与搜索App的怪兽·GATCHIMON这一对凸凹组合，                                                                      　　奔驰于现代世界的新感觉搭档物语，                                                                      　　现在启动！

      故事舞台在一所名为龙鸣馆的高校，转校来到学生、老师、甚至连学园长都是个性派的私立龙鸣馆的近卫素奈绪。虽然对不习惯的学园生活有些不知所措，但为了喜欢的话剧，为建立话剧部而来到学生会室，这里却是学生会长雾夜艾利卡一手掌握大权的女王政治的中心。更糟的是，和过去有某种缘分的青梅竹马对马雷奥发生了最糟的重逢…… 　　武义高强的学生会风纪委员铁乙女；品学兼优，但又毒口、H的学生会长雾夜艾利卡；沉默寡言、性格孤僻，对X知识无知到发指的下级生椰子和美。还有青梅竹马的平胸受萝莉和治愈系亲友团路人女。

故事发生在一个虚构的世界之中，在这里，突然之间出现了古代王朝遗迹群，人们称之为“迷宫”。在迷宫里，隐藏着数之不尽的宝物，而其中最为人津津乐道的，就是被称为“魔神金属器”的魔器。然而，想要得到这些宝物却并不是一件容易的事情，与之相伴的，是无处不在的危险和敌人。                                                                      　　阿里巴巴（梶裕贵 配音）是一位乐于助人的善良青年，一次偶然中，他结识了名为阿拉丁（石原夏织 配音）的少年。一场意外让阿里巴巴背负上了巨额的债务，于是，他决定同阿拉丁，以及被其解放的怪力女奴隶（户松遥 配音）一起攻克传说中最复杂却也是隐藏了最多宝物的第七迷宫。

小雪纷飞的2月13日——毕达哥拉斯Production诞生了一组偶像组合。 那是“将KISS传达到银河尽头的偶像·MARGINAL#4”。 成员桐原亚登梦、蓝羽泪、野村L、野村R为了前来应援的粉丝们，在艺能活动中全力奋斗！与牵引着艺能界的前辈组合·LAGRANGE POINT、等待出道的后辈组合·UNICORN Jr.一起，作为偶像不断成长着。 然而……？当迈下舞台之后，他们也是普通的现役高中生！吵吵闹闹的学园生活充满各种意外！ 这是由MARGINAL#4所展开的，比繁星更闪耀的偶像+日常学园物语！ 个性丰富的成员编织而成的“梦想”与“羁绊”。当两者合而为一之时，就会诞生出奇迹的Big Bang——！？

实现了踏足宇宙的人类们，将许多资源小行星纳入了手中，并认为那未来与繁荣也会来临身边。 但是，自称泛银河统一帝国的谜之势力“乌尔伽尔”对人类发起了攻击，地球陷入了生死存亡之危机。通过了基因调整、为了战斗而出生的少年少女5人：「Team Rabbits」的出(Izuru)、浅木(Asagi)、惠(Kei)、环(Tamaki)、骏河(Suruga)，驾驶最新锐战斗装置「AHSMB」进行了战斗，并在最终决战使得乌尔伽尔的部队退了兵。但在那战斗之中，出……。 在这样的Team Rabbits面前，新的外敌、新的战斗在等待着他们——。

　　故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司(龙骑)、秋山莲(夜骑)、北冈秀一(钢兵),浅仓威(王蛇),雾岛美穗(FEMME)和神秘的龙牙RYUGA。雾岛美穗成为 骑士的目的是要杀死浅仓为姊姊报仇，并令姊姊复活。而北冈正是帮浅仓脱去杀人罪的律师，他因内疚而多次帮助美穗，可惜美穗并不接受，令他意兴阑珊的退出 骑士之间的战斗。为了报仇的美穗不理真司的阻止，仍多次与浅仓战斗，却反而令自己陷入危机，当浅仓向美穗下毒手时，龙牙突然出现解救美穗，并以强大的力量将王蛇压倒 ，令美穗成功杀死浅仓。由於美穗以为是真司救了她，便相约他出来吃东西希望报答他，而真司和美穗的感情亦得以发展，可惜这个美好时刻却被邪恶的 龙牙破坏。镜世界中的真司(RYUGA)假冒真正的真司袭击美穗，美穗於是与龙牙战斗但不敌，虽然美穗被真司所救，但最後因伤重而死…。
　　另一方面取回小时候的记忆的优衣，知道神崎士郎发动战斗的目的是为了自己(详情请看TV版剧情简介的部份)，於是她决定以自杀来阻止神崎士郎的疯狂行为 。另外真司亦知道自己是小时候间接害死优衣的人，令他感到非常内疚。此时镜世界中的真司出现，并欺骗真司说和他合体可拯救优衣，合体後的龇牙以最强Rider的身份向 放夜骑作出挑战。
　　得悉优衣已死的神崎士郎受不了打击，在痛哭嚎叫下消失了，镜世界中的成千上万蜻蜓怪因而失控，飞到现实世界袭击人类。战斗中的夜骑与龙牙终於发现优衣的屍体 ，在这个冲击下真司竟从龙牙的身体中分裂出来，并和龙牙作宿命决战。
　　最後真司和莲变身成SURVIVE形态，骑著契约兽飞向成千上万的蜻蜓怪，与它们作最後决战，走向未知的未来…。