《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
泱泱天道，强者无敌！上古丹法，照破山河万朵；焚天宝剑，湮灭宇宙轮回；修罗血脉，埋葬万界至尊。 秦南得天命传承，修无敌之法，开启了一场碾压当世无数天才，通往万古不朽，称霸诸天的强者之路！
在人类即将被灭绝之时，六大圣殿崛起，带领着人类守住最后的领土。一名少年，为救母加入骑士圣殿，奇迹、诡计，不断在他身上上演。在这人类六大圣殿与魔族七十二柱魔神相互倾轧的世界，他能否登上象征着骑士最高荣耀的神印王座。
