女主角·中山雏子自幼在孤儿院长大，某一天，一个自称是她哥哥名为光的男子出现在她的面前，并将她带到了充满不良学生的学校私立狮子吼学园念书。从此，雏子开始了女扮男装，与帅气的不良少年们共同学习的校园生活。
主角小野寺律于初中时与嵯峨政宗（后因为父母离婚的关系改名为高野政宗）在图书馆一见钟情，起因是政宗帮他拿到了高处的图书。之后小野寺律从借书处得到了政宗的姓名，并开始借阅他读过的图书、进行各种跟踪行为以加强对政宗的了解。（为了不被发现，谨慎的他在借阅图书时使用了虚假的班级和假名——织田律，这也是高野未能在小野寺律申请就职时便知道其身份的原因）。结果在苦恋三年后，小野寺律由于在图书室借同一本书时碰到嵯峨的手，不知所措之下向嵯峨前辈告白，戏剧性的两人有了一段短暂而深刻的爱恋。由于嵯峨前辈觉得小野寺律傻傻的很可爱，发出一声轻笑（其实是为了掩饰自己的害羞），使双方都误会对方，自此分手。但是冷酷的嵯峨前辈对小野寺律有着很深的爱恋，因为小野寺律一直温暖着嵯峨政宗。
“你能，和我组一辈子乐队吗？” 高一的春末。羽丘女子学园里的学生基本上都组好了乐队， 推迟入学的爱音也在为了能尽快融入班级而急忙寻找乐队成员。 在这时候，知道「羽丘的小怪人」灯还没组乐队之后， 爱音不由自主地向她搭话…… 遍体鳞伤且蓬头垢面的，我们的“音乐（呐喊）”。 不畏迷茫，纵使迷茫亦要前行。
高度发展的都市，拉塞尔市。 在讴歌繁荣的这座城市中，动摇这个世界的巨大阴谋开始启动—— 立刻察知阴谋动向的男人·索德，为了揭露阴谋而投身于不为人知的战斗当中。但他得到的线索却只有“El Dorado”这样的关键字而已。 在战斗当中，索德遇到了一位名叫索菲的少女。索菲也在寻求着失踪的哥哥留下的讯息“El Dorado”的含义。 索菲失去了哥哥，而索德也有过失去妹妹的过去。被“El Dorado”这一字句所吸引的两人，从对方身上感受到看不见的羁绊，并开始一同行动。 就这样，各自的心意交错的旅程开始了——
小羊咩咩在暴风雨之夜躲进了一间小屋中避雨，哪知道在屋子里遇到了一个和自己一样的避雨者，屋里一片漆黑，咩咩和这个伙伴虽然彼此看不见对方的样子，但还是开开心心的聊了一整晚，天亮之后，咩咩震惊的发现，和自己共处一室一整夜的，竟然是一只名叫加布的狼。 虽然它们一个是肉食动物，一个是草食动物，但咩咩和加布之间还是建立起了友谊，虽然狼族和羊族向来水火不容视对方为死敌，但是加布和咩咩还是抓住一切可能的机会私会。终于，两人的感情败露了，狼族和羊族都对他们展开了追杀，加布和咩咩不得不踏上逃亡的旅途。一路上，加布除了要对付不断骚扰他们的袭击者外，还要和自己嗜血的本性对抗。
「空之境界」TV版将剧场版全7章的内容进行再集编，将原本倒叙、插叙的章节调整为正叙后，用TV动画的形式播出。故事将主要以两仪式和干也为中心展开，全13话TV一季度完结。
「薄樱鬼～御伽草子～」是一部将人物进行适当变形的短篇动画，在原作的登场角色和设定基础上，围绕着“也许是似曾相识的日常”的主题，描绘全新的故事。
