思春期症候群——这是一种只发生在易敏感和不稳定的青春期的、不可思议的现象。 例如，在梓川咲太面前出现的野生兔女郎。 她的真实身份是高中高年级学生，明星活动休止的女演员樱岛麻衣。她迷人的身姿，不知为何在周围的人眼里看不出来。 咲太决定解开这一谜题。在于麻衣一起度过的时间里，咲太知道了她秘密的想法…… 女主人公们一个接一个地出现在咲太的周围，她们都有着“青春期症候群”。在天空和大海都很闪耀的小镇上，开始了令人激动的故事。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
日本出生的少年人星矢，为寻找失散多年相依为命的姐姐星华，毅然前往希腊圣域接受成为圣斗士的艰苦训练，为要在银河擂台赛中夺冠并获得黄金圣衣。在比赛中，星矢与紫龙、冰河、瞬及一辉发展出一段至死不渝的友谊，并发现了一段13年前教皇的秘密…… 13年前，黄金圣斗士人马座艾奥罗斯救出正在被教皇下手杀害的女神雅典娜的转生女婴，并在临死前将女婴及黄金圣衣托付给日本人城户光政。城户光政为把黄金圣衣交托可以信赖的人，就把100个小孩（漫画版是城户光政与99个女人所生的小孩，动画版却是100个孤儿）分别送往世界各地接受圣斗士的训练，藉银河擂台赛将圣衣交予冠军人选，而女神雅典娜就正是城户光政的孙女城户沙织…… 故事中，十分强调对信仰的忠诚，以及无私奉献的友情，并强调由此信念而生的“小宇宙”之燃烧，是击破一切黑暗势力的神秘力量泉源。
