数学荒岛历险记3是《荒岛历险记》数学系列的第三部作品，是一部凝合了数学科普教育与少年励志为创作主题的动画连续剧。故事承接了第一部和第二部的剧情。讲述了博士只做了3分钟“世界之王”，就立马被打回原形了。原来愿望之码一旦被激活，便可掌控自己的意愿，它告诉大家，要想获得真正的愿望，必须要比赛答题。答对1道数学题，可以实现1个3分钟的愿望，答对8道数学题，可以实现1个永久愿望。 由此，博士和罗克双方才开始真正的较量。国王、花花、依依、小强等荒岛伙伴能适应地球的新生活吗？罗克和UBIQ又会如何迎接新挑战，解除荒岛危机呢？而博士也拉拢了一个新帮手，博士经典的愚蠢阴谋功力会不会大增呢？摆脱各方控制的愿望之码，又将会有怎样令人称奇的表现？新危机，新挑战，新故事，一场全新的数学较量马上就要展开了。
诸神陨落已久，继承“神祇烙印”的灵能者们退居一隅，普通人们安居乐业，逐渐忘却了那些神明的故事。 少年戚歌过着平凡的生活，可他的命运因为一把神秘黑刀而改写，"灭世魔神"路西法竟寄居在他体内，未知的灵能世界逐渐在他面前展开。 命运会将他引向何方呢？又或者，这命运能否由他自己来主宰？ 曾经的“诸神黄昏”到底为何发生，错综的灵能势力里谁才是真的正义？ 为了掌握自己的命运，戚歌与同伴们一同踏上超越诸神的成长之路……
相传上古七大神器威力无穷，一股邪恶势力欲将其占为己有，实现不可告人的阴谋，在神裔村长大的磐正，拜入朱雀星君门下习武，冥冥之中卷入了神器的争夺。在朱雀星君的指引下，为粉碎邪恶势力的阴谋，磐正穿越千年来到现世，与众多志同道合的伙伴一起，踏上了游历神州、寻找神器的冒险之旅。
脾气火爆的调查队队长钱错，与高智商冷血科长滕瑞雨，两人搭档侦破无数匪夷所思的案件，直到两年前被卷入连续方术犯罪……
