本季延续《西行纪》前一季剧情，讲述了唐三藏与师徒四人取得奇经交予天宫的十六年后，为了心中正义，再次集结成“西行小队”，重新踏上“还经”之路的故事。
伴随着魂导科技的进步，斗罗大陆上的人类征服了海洋，又发现了两片大陆。魂兽也随着人类魂师的猎杀走向消亡，沉睡无数年的魂兽之王在星斗大森林最后的净土苏醒，它要带领仅存的族人，向人类复仇！生活在斗罗大陆上的少年唐舞麟因为武魂是蓝银草，一直被嘲笑轻视。一次意外受伤中他发现：自己身体里面有一条由18道封印封禁的金龙，守护着自己的那缕神识告诉他，如果不逐步解开封印，自己将爆体而亡……
皇帝巡海之际，太子建文亲眼目睹了自己亦师亦友的郑提督突然弑君，反被朝廷诬陷为弑父夺位，慌乱中驾驶了青龙灵船逃回泉州欲返回金陵向燕王叔叔，郑提督接受监国燕王的命令回到泉州对建文进行缉拿，建文太子识破之后从泉州开启了往南的逃亡之旅，建文逃亡途中结交了东瀛忍者七里、蒙古水师统领腾格斯，博物学家佛郎机人哈罗德，四人在冒险途中结下了真挚的友情，准备展以南海蓬莱岛最大海盗破军基地为目标的逃亡查明郑提督弑君的真相之旅；此时朝堂内外各方势力蠢蠢欲动，郑提督又该如何在这样的条件下继续保护对自己误解愈深的建文和查探皇帝魔化事件的真相呢？
五百年前，龙（王力宏 配音）突然失踪了，凤（章子怡 配音）暂时顶替龙的职位，玉帝下旨，若三天内找不到龙，生肖就要重选。生肖官们集体出动寻找龙，发现人间女孩小珍竟然握有一枚龙鳞，可能是找到龙的关键线索。对生肖岗位蠢蠢欲动的蟑螂暗中破坏，寻找龙的旅途上充满艰难险阻，个性迥异的生肖官们共同承担，欢乐以对。为了保住世界安稳和挽救面临破裂的家庭，小珍和生肖动物一起，展开了一段奇妙而又温暖的冒险之旅，最终凭借着智慧与勇气，找到了失踪的龙，恢复了十二生肖建立的天地秩序。本片讲述了龙神秘失踪，十一生肖官凭借一丝线索寻找龙，以阻止生肖重选天下大乱的冒险故事。
