故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
少年秦烈为守护唐思琪，不顾境界相差悬殊和梁少扬对战，同时他体内沉睡的力量开始慢慢觉醒。器具宗在玄天盟派八大门派围攻下，遭遇到宗门存亡危机！秦烈答应器具宗宗主誓死守护器具宗，与此同时，七煞谷谷主鸠琉瑜却带着最强大的秘密武器偷偷潜入灵坛，打算夺取秦烈的性命……
万年之前，刀祖斩杀剑皇，从此天下剑修被贬低、欺凌，直到一个少年出世……楚牧，本是...
“武”是指道义，“拳”并不是指拳头，而是握紧的希望！这个世界上所有人都在锤炼自身的能量“武魂”，以双手作为媒介而附上自身的灵魂，从而进行征战，这群人被取名为“武拳师”！这是一个关于武拳师英武向命运抗争，对抗邪恶的王道少年热血故事。
故事以凹凸学园的初中部与高中部为舞台，描写围绕着刚升入高一的新生——金与他身边的同学之间，轻松有趣的搞笑向日常生活。 凹凸学园里有着形形色色性格各异、古怪却也不失可爱的学生，而本作采用平行式的单元小故事讲述，用萌系Q版人物、声优的诙谐演出及别具一格的画面效果，将最轻松真实的学园生活展现给观众。
