万年之前，仙王牧云因持有诛仙图而遭人暗算，残魂沉睡万年之后，在天运大陆南云帝国有名的“废物牧云”身上觉醒。牧云初醒，就受到了学生妙仙语的刻意刁难，牧云轻松的就化解了妙仙语的陷阱，并举一反三的说出了更多的炼丹技巧，让门外的炼丹大师莫问赏识不已。回到家中，牧云得知了要与秦家小姐秦梦瑶结亲的消息。秦梦瑶寒毒在身，活不过二十岁，结亲不过是为了牧家和秦家的利益。但牧林辰的劝说下，牧云以炼丹为条件，答应了这门亲事。炼出了淬骨丹，牧云的修为有了第一次提升。莫问时常来找牧云请教，而秦时雨一直想请莫问来治疗孙女秦梦瑶。莫问暗示让牧云一试，牧云阴差阳错下唤醒了体内的诛仙图，得知秦梦瑶体内的并非寒毒，而是冰凰神魄。牧云治好了秦梦瑶，冰凰神魄的力量使得秦梦瑶修为突飞猛进。在见识到了牧云的能力后，秦梦瑶对牧云充满了好奇和兴趣，于是成为了北云学院的导师，和牧云教导同一个班级。而追求秦梦瑶不成的东方玉，嫉妒仇恨之心燃起，誓与牧云势不两立。 牧云借着诛仙图突破修为，去北云山脉历练，妙仙语执意同行，途中牧云以一人之力猎杀十几头紫毛猎狼，让妙仙语十分震惊。而被人指派暗杀幕运动柳山四煞一路尾随，趁牧云脱力之机会，纷纷现身准备对牧云下手。
该片讲叙了虹猫、蓝兔在开心国的奇妙识字旅行。虹猫、蓝兔在一次野外识字游戏中，从一群蚂蚁手中救下了神奇的字魔方，他们得知字魔方要找回因蚂蚁国进攻而失散的字卡，决定帮助字魔方。一段寻字、识字的旅程开始了，开心国的小王子乐乐、蚂蚁国的小公主六六先后加入了虹猫、蓝兔的队伍。四个孩子克服了重重困难，终于找齐了以笔、墨、纸、砚四大字精灵为首的全部字卡。蚂蚁国也与开心国重修旧好，幸福和快乐又回到了这片土地上。
数学荒岛历险记3是《荒岛历险记》数学系列的第三部作品，是一部凝合了数学科普教育与少年励志为创作主题的动画连续剧。故事承接了第一部和第二部的剧情。讲述了博士只做了3分钟“世界之王”，就立马被打回原形了。原来愿望之码一旦被激活，便可掌控自己的意愿，它告诉大家，要想获得真正的愿望，必须要比赛答题。答对1道数学题，可以实现1个3分钟的愿望，答对8道数学题，可以实现1个永久愿望。 由此，博士和罗克双方才开始真正的较量。国王、花花、依依、小强等荒岛伙伴能适应地球的新生活吗？罗克和UBIQ又会如何迎接新挑战，解除荒岛危机呢？而博士也拉拢了一个新帮手，博士经典的愚蠢阴谋功力会不会大增呢？摆脱各方控制的愿望之码，又将会有怎样令人称奇的表现？新危机，新挑战，新故事，一场全新的数学较量马上就要展开了。
大BOSS玉王的生母，当朝的皇太后也终于出场，她对玉王因为莫小西而耽误了复仇大业极其不满，一心想要除掉莫小西，导致莫小西的处境更加艰难。好在此时，栾夏泽也真正喜欢上莫小西，栾夏泽残暴的性格也在潜移默化之中被她影响，慢慢变得温和起来，在一次玉王的谋反行动中，莫小西被牵连进来，栾夏泽为了救她，中毒生命危急，莫小西求助系统，系统给的却药品无法救助别人，莫小西只好回到现实世界，去寻求解药，终于治好栾夏泽，这时候栾夏泽和玉王都对莫小西的身份产生的怀疑。随着剧情的深入，莫小西的位分不断...
