灵气复苏，整个世界都被浓郁的灵气所覆盖，地球上的生物被此影响。人类开始觉醒，拥有更强的力量。人类以外的生物同样在灵气影响下飞速进化。一些强大而神秘的种族悄然崛起，传说位于力量顶点的便是——异皇族。机缘巧合，异皇族皇子的灵魂穿越附身在普通人类青年黄尚的身体……
《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
传说中被封印的年再度降临人间，肆虐大地，并酝酿着巨大的阴谋 —— 让大地陷入永恒的黑暗，受他统治。与此同时，唯一能够战胜年的“紫魁星”也转世降生在东海的一个渔村，他就是我们故事的主人公 —— 小海。年的肆虐毁灭了渔村，并吞掉了小海的父母和保护小海的灶王爷，小海必须找到传说中的“十二圣兽”习得他们的功夫，才能战胜年。于是，小海和第一只圣兽 —— 灶王爷身边的小老鼠“多来米”一起踏上了寻找其他圣兽的漫漫长路。 在前后遇到虎、猪、马、牛几位师傅后，小海渐渐从一个什么都不会的普通孩子成长为一个功夫高手。但是，在牛师傅的火焰山，和年的一场战斗让小海意识到自己与年的差距还太大，受到打击陷入低潮。之后掉下山崖的小海被羊师傅救起，养伤过程中，小海在羊师傅和多来米的帮助下重建信心。 成长的小海不再盲目冲动的要去找年报仇，而是潜心寻找其余的师傅继续提高自己的功夫修为，又相继找到了兔、狗、鸡、猴、蛇等几位师傅。在遇到了猴师傅智空大师，并经历了在佛法圣地朝宗山上的修行后，小海真正明白了与年的战斗并不是为了个人恩怨而是为了拯救天下苍生。此时，年的阴谋日益临近，在遍寻不到龙师傅的情况下，小海决定先行前往阻止年。 一场大战，小海被打下深海，却意外的在海底遇到了早就被年囚困在此的龙，小海救了龙。龙召唤其他十一圣兽帮助小海成为真正的紫魁星。但还是迟了一步，年的阴谋得逞，黑暗降临整个大地，小海也被年吞进肚子里。 年在大陆上四处肆虐，小海也在年的肚子里大闹，痛苦的年不得不将小海又吐出来。小海和年的最终大战来临，小海在十二圣兽和天下百姓的烟火齐鸣下，终于战胜了年。黑暗散去，大地恢复一片祥和。从此，这一天被命名为“年”，同时为了纪念十二位圣兽，人们将每一年以一个生肖做属相，代代相传。
