故事发生在以武为尊的九霄大陆，讲述了现代学生林枫，因为一场车祸，穿越到武魂未觉醒的“废物”林家大少爷身上。从此以双武魂之力，一路突破修为，披荆斩棘，收获知己红颜。得惊世传承修武道、踏九霄、破天地、傲苍穹、主宰武道的故事。
在浩瀚的宇宙中，有一个人类、机器人、外星人共同生活的地方，叫“星星球”。某天，灰心星球的宇宙开发公司派出了两大王牌战士“大大怪将军”和“小小怪下士”并携带着拥有强大力量、赋予机器生命和智慧的终级武器——五色神奇宝石，想强行占领“星星球”，可是，当他们冲进大气层时发生了意外，除了黑色宝石外，红色、粉红色、绿色、蓝色宝石都散落到星星球。在星星球上有一位天才的机械师——宅博士，在维修垃圾电器时，四台旧机车刚好遇上了四颗宝石，在无意中激活了它们；从此，开心超人、甜心超人、花心超人和粗心超人诞生了。他们在宅博士的带领下，一次又一次地挫败了侵略者的阴谋，保护了“星星球”。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
炎部落一战之后，延羽、嘉静、凌义、基洛、希阳五人回到金波城，这时却突然收到土元素城市——沙砾市受到邪灵组织入侵的消息，五人立刻赶往沙砾市，却发现这里出现了五个冒充机甲五勇士的人，原来这些人冒充延羽五人是为了从沙砾市酋长口中得出沙砾市能源石——灵土矿石的位置。最后在延羽五人的努力之下，终于揭发了假五人组的身份，与此同时，却让邪灵得知了灵土矿石散落在地下的秘密！
