《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
本美术片为剪纸片。 时逢六月酷暑，去西天取经的唐三藏师徒四人走得又渴又累，抬头一看前方有座寺庙，慌忙走了进去，谁想竟是座荒庙。孙猴将师父安顿好，外出去找吃食，八戒想先一步吃到食物，与他结伴同行，可是他实在太懒，走了一会便嚷嚷说肚子疼，孙猴无奈放下他独自去找吃的。孙猴费了番周折找到一堆美味水果时，八戒也无意间得到了一个大西瓜，只见他将西瓜分给四份，先拣最大一份吃了，随后又禁不住美味诱惑将师父和师兄弟那份吞下肚，这一切，都被孙猴看在眼里，孙猴决定好好将他戏耍一番。
宇宙中的螺旋星系有颗美丽的星球——纳斯星球，星球上有一种神奇的果实，一直保护着整个纳斯星的生态平衡。 星球上的阿吉亚部落世世代代都守护着神之树，可是纳斯星上突然潜入了许多宇宙海盗，恰巧赛尔号上的先锋小队成员赛小息，阿铁打，卡璐璐途经此地，他们立刻加入了这场战斗…随着战况升级，四位神奇精灵：电系王者雷伊，暗影之王布莱克，武斗勇士盖亚，绝地武士卡修斯也加入了进来……
