第12季讲述了白月初被涂山雅雅带到危险的“圈外”发动了她的独门绝技镜花缘，唤醒了白月初失落的记忆，揭开了东方月初当年是如何在道盟推动人和妖和平的背后故事。
故事发生在隋唐末年，隋文帝的次子杨广企图谋权篡位，为了避免遭到迫害，朝中重臣李渊（罗港生 配音）决定拖家带口离开京城这块是非地，返回故乡颐养天年。李渊的次子李世民（赵铭 配音）此时正陷入了同长孙无蓉（范雷颖 配音）的恋情之中，不愿意离开心爱之人的他想要留在京城，却遭到了无蓉的反对。 在返乡的途中，李世民遭到了杨广派出的杀手廖无极的袭击，手无寸铁的他命悬一线。在这个节骨眼上，偶然路过的秦琼拔刀相助，救了李世民一命，两人就此结下了不解之缘。之后，李世民还遇到了徐茂公、尉迟恭（袁国庆 配音）和程咬金（王肖兵 配音）等英雄好汉，在他们的辅佐之下，李世民能否推翻杨广的统治？
正值情窦初开之时的公主，以为自己的心上人是付望舒，却可惜无缘亦无份。而另一边，九皇叔和她虽以叔侄相称却并无血缘关系。皇叔对于她来说，亦师亦友，且两人年龄相差无几，可谓青梅竹马，两小无猜。可孟玉珥一开始却没意识到九皇叔的一往情深，爱他念他也不自知，毕竟辈分不对。
小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
