本剧讲述超级飞侠与超级宠物们继续乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在山东潍坊，他们帮助小宝成功放飞了巨型章鱼风筝；在菲律宾，他们通过特制音响和扩音设备，帮助一个叫利娅的女孩达成了和鱼儿交朋友、一起唱歌的愿望。尽管遇到不少困难，但超级飞侠和超级宠物们每次都会用炫酷的装备和丰富想象力的办法，圆满地解决问题。
在远离尘世的海上，有一座美丽奇异的小岛。这座岛上，没有正义邪恶的划分，没有惊心动魄的大战。岛上住着的，是一群时而互帮互助，时而又打打闹闹的市井小民，但是这里的每一个人都有一段传奇的过去。这里便是二次元界的桃花源，美影大家庭居住的地方。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
聂离以为银翼世家家主制药为由，带着司空易的亲信离开领地。领地外，聂离和段剑联手制服了他们后，回到银翼世家领地引爆炎爆铭文，被监禁的伙伴们和奴隶借机逃离。银翼世家受到重创，聂离一行人顺利回到光辉之城。
穿书成反派赘婿的李雨果，后宫才刚营业，就被困于危机重重的黑森林之中，且看赘婿李雨果如何绝处逢生，与叶琼斗智斗勇，守护粉红佳人！
故事发生在以武为尊的九霄大陆，讲述了现代学生林枫，因为一场意外，醒来成为武魂未觉醒的“废物”林家大少爷。从此以双武魂之力，一路修炼突破、披荆斩棘，收获知己红颜、得惊世传承的故事。
