四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势战胜方家。进入宗门后，秦南因卷入萧轻雪被逼婚一事，惹来宗主之子欧阳君的仇视。为了不断变强，报答萧轻雪的知遇之恩，秦南屡破强敌，连夺万象大比、外门大比第一、与四大宗门天才共闯武缘阁，并获得搅动大陆的惊天秘密，与冷锋约战生死殿、破北海家围困临水城之难，探索九字真言塔，誓与宗门恶势力战斗到底。
漠北当下表面平静，实则暗中涌动。王后述里朵正筹划一场大会，不良帅为探查漠北动向带着一众不良人出现在漠北，以降臣为首的四大尸祖在此期间也来到漠北开了家古董羹店，而神秘的杀人凶手更弄得人心惶惶，几方势力各怀心思....
《木奇灵2圣天灵种》是武汉博润通公司制作，心田动漫文化传播有限公司编剧的国产动画片。该动画片是一部乐趣科普片，是一部快乐成长史，是一个人与自然和谐共生的快乐王国，具有“植物、人文、连接、全产业、向世界”五大精髓，以深度融合共赢突破了动漫界限，与多领域伙伴一起创造一个涵括 文化、人文、科技、产业为一体的情感世界。 由于人类的扩张对水源造成破坏，最终导致海洋受到严重污染，海洋中的巨藻木奇灵摩天因为无法抵抗海洋污染的侵蚀，选择利用污染的黑暗元力开展报复计划，一种叫“赤华”的植物开始在人类世界和绿影岛上疯长，危机瞬间爆发。滨江之城的小学生洛飞、浩磊、凌天恒回到了绿影岛，和绿影岛的灵希公主以及他们的契约木奇灵一起寻找一颗传说中拥有强大净化能力的圣天灵种来应对赤华危机。当洛飞等人经过重重考验成功得到圣天灵种后，不仅要对抗摩天一方制造的麻烦，还要面对同伴之间的摩擦与误会，但洛飞没有退缩，带着伙伴们踏上前往深海之都的旅程，最后成功击败摩天，净化赤华，消除了危机。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
来自地球的花仙魔法使者夏安安（醋醋 配音）跟随傲娇小王子库库鲁（冯骏骅 配音）肩负使命来到了世界海的尽头，传说中的花之国度——拉贝尔大陆，试图解除黑暗魔神侵袭的危机。不料与此同时，宿敌迷之王子塔巴斯（谢天添 配音）回到了邪恶女神的身边，抢走了夏安安辛苦集齐的所有花仙精灵 王，并把安安最要好的三位同学黑化成了暗黑魔女。曾经的美好都已化为邪恶，曾经的朋友成为敌人！灾难面前，似乎一切都毫无胜算！那么这场冒险之旅凶吉几何，地球家园又将由谁来拯救？古灵仙族、勇气古堡、风沙王国，一幕幕美丽画卷逐渐打开；西蒙（黑石稔 配音）爱德文（沈达威 配音）、曼陀罗王子（夏磊 配音），一系列知名角色悉数登场，正邪大战一触即发，纯粹之心能否经得住黑暗魔神的考验？花之国度的灾难能否就此终结？
