《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
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天神星的危机尚未解除，新的威胁却又紧接而来… 大天神众人被龙牙兵层层包围之际，在魔化器的催生之下，恶狗将军降世了！ 靠着恶狗将军压倒性的黑暗力量，不但天神星众人都被邪恶势力给制服，更糟的是，魔化器将大天神为首的众人都加以复制出了邪恶的版本。 飞碟城里出现了一个神秘的人物，他不但向众人发动攻击，更强行带走了水魔！麻烦的是，受到攻击的星猫中毒了，只有薇薇的净化之力可以为星猫解毒。虽然薇薇然对自己的能力没有信心而不愿意尝试，但是在众人的信赖和鼓励下，薇薇最后不但救了星猫，更成功的掌握了净化之力。 阿修和蜻蜓怪激烈的缠斗着。激战中，蜻蜓怪再次进化成蛇怪….
