S级怪兽《贝希摩斯》被误认成小猫，成为精灵女孩的骑士(宠物)一起生活

鸣人和佐助的因缘之战结束2年之后，木叶忍者村临近冬日的祭典。鸣人在拉面店“一乐”与一同成长起来的同伴们正度过着快乐的时间。在那之中，带着自己偷偷编织的围巾的雏田仍然没能传达自己的心意。雏田对于只能一直在旁边守望的自己感到厌恶。这时，一个神秘的男人突然现身了。千钧一发之际，鸣人前来搭救了雏田，但那个男人却留下“你们将迎来灭亡的命运。就在这时，伴随着强烈的光芒，陨石贯穿了夜空…… 五影会谈紧急开幕。在那里就座的是各国的首长雷影、水影、土影、我爱罗。月球不断靠近地球，其残骸将会落向地面，可以说人类灭亡的倒计时已经开始了。忍者们为此陷入混乱。鸣人与小樱、鹿丸、佐井以及雏田开始展开调查，并到达了一个刻着巨大咒印的异质地底空间。在那里等着他们的是，“某个计划”以及大筒木舍人。这个男人的真实身份是曾经与鸣人、佐助展开殊死决斗的查克拉之祖大筒木辉夜的子孙。在那瞬间，率领着傀儡队的舍人现身，以压倒性的力量将鸣人等人击倒。雏田也终于落入了舍人的手中。与此同时，地面上的人们与不断降落的陨石所进行的壮烈防卫战也即将迎来极限。舍人终于道出的“真正的最终计划”究竟是！？大筒木一族，以及雏田她们的日向一族之间的悲哀宿命究竟是！？即将到来的地球最后之日，众人各自心怀不屈的意志，超越时空展开激烈的冲突！

　　春季的高中排球宫城县预选中，                                    
                               　　在一番激斗后取胜，终于实现在全国大赛中出场这一夙愿的乌野高中排球部。                                    
                               　　就在他们为全国大赛做准备的时候，                                    
                               　　传来了影山受到全日本青年强化合宿召集的消息。                                    
                               　　而月岛也受到宫城县一年级选拔强化合宿的召集。                                    
                               　　同为一年级，对于差距感到不安的日向，擅自前去参加宫城县一年级选拔强化合宿，但……！？                                    
                               　　以全国大赛正赛为目标，日向、影山以及乌野高中排球部开始了更加艰巨的挑战——！！                         

故事发生在拥有通称“地下城”的广阔的地下迷宫的迷宫都市欧拉丽，想成为冒险者并且向往像英雄冒险谭中那样的“与异性命运的邂逅”的主人公贝尔·克朗尼，在这个地方遇见了一位小“神仙”赫斯缇雅，而她正四处寻找自己“眷族”的成员。吃了不少“眷族”闭门羹的贝尔在听了其劝诱后，立马就决定加入。某日，贝尔在地下城遭到了怪物“弥诺陶洛斯”的袭击，由于水平之差而无计可施的贝尔面临走投无路的危机，而在千钧一发之际，最强冒险者艾丝·华伦斯坦出手相助。就在这一瞬间，贝尔对艾丝一见钟情。就这样，一段眷族神话正式拉开帷幕。

软弱又胆小的阿宅连载漫画家爱徒勇气，身边有个美女助手足须沙穗都。但是有了这个助手，反而没有加快他的工作效率，反而让好色的他，工作效率变得更差，导致责任编辑音砂见张每次都必须用强硬的手段催勇气工作。后来又有自称为勇气忠实粉丝的美少女风羽玲奈、超级助手的黑井濑奈前来工作室担任助手，让好色的勇气几乎是在一个有如后宫的环境中工作…

　　双叶幼儿园的游园会快到了，往年都会在游园会里跳春日部舞，但今年松阪老师却突然提议要跳森巴，不过马上受到吉永老师和上尾老师的大力反对，最终也只好不了了之。奇怪的是，第二天在幼儿园里，吉永老师却不同前一晚的态度，大力向园长建议游园会上应该跳热情的森巴……

　　正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。
　　另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。
　　真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！

　　漩涡博人（三瓶由布子 Yuko Sanpei 配音）虽然是七代火影漩涡鸣人（竹内顺子 配音）的儿子，但是他并不以父亲为荣，父子间充满了误会。博人为了打败父亲，准备拜师宇智波佐助（杉山纪彰 配音），与此同时，博人与佐助的女儿佐良娜（菊池心 配音）、三月（木岛隆一 饰）组成了小队，共同参加下影的考试。下影考试开始，博人求胜心切，不料考试途中，神秘反派大筒木桃式、金式发动了突然袭击，鸣人为了保护木叶村陷入了危机。博人开始重新认识这个父亲，和佐助、我爱罗等父亲的老朋友开始了拯救鸣人的战斗。