中学で失恋100回を達成した愛城恋太郎は、 中学で失恋100回を達成した愛城恋太郎は、高校でこそ彼女を！と願い訪れた神社で、現れた恋の神様から「高校で出会う運命の人は100人いる」と告げられる。しかし神様いわく、運命の人と出会った人間は、その相手と愛し合って幸せになれなければ死んでしまうという……。次々に待ち受ける運命の人との出会い──どうする恋太郎？どうなる100人の彼女！？
木叶的战士们，挺身而出吧！这是属于我们的战斗！ 云、岩、雾、砂，保护这四大国的忍者突然下落不明。而四大国因为失去了各自所拥有的血继限界忍者，便把矛头一致指向唯一没有出事的火之国。陷入疑虑与恐惧 的各大国，不排除利用发动战争来保家卫国，但如此一来，第四次忍界大战势必会因而爆发。因此，火之国的诸侯传令给木叶村，要火影务必查出事情的真相。纲手 下定了决心：「不管要付出什么代价，都要选择能够确实保住木叶村的方法」，而在这一连串事件发生的同时，卡卡西却突然宣布要脱离木叶村。「老师为什么要抛 弃我们的村子？」卡卡西所留下的「铃铛」里，寄托着他内心的信念…。在这个各自拥护忍者的大陆，五大国藉由整顿战力来维系国与国之间的和平。然而此刻，这道「危险的和平」之墙，即将面临崩毁的命运…。
在某个小镇，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年，一直与春原阳平为伍，在光坂高校过着潦倒的生活，但冀望终有一天能够离开所在的小镇。某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为“古河渚”的女孩后，他的生活开始有了重大的变化。 前半为主角和女主角们之间所发生的事件，后半After story为主角和古河渚，在冈崎中学毕业之后，共同生活的日子，其中还穿插了“幻想世界”，CLANNAD就是由这三个要素所组成的故事。
主角华园光的学校超精英贵族学校“私立白选馆学园高校”。 在这个有点奇怪的学校中，学生们被按照成绩好坏的顺序分到A到F的各级别中。全年级成绩最优秀的7名学生会进入"Special A"（或叫作"S·A"），这些“精英中的精英”享受特别的待遇。不仅制服和别的学生不同，并且可以在被称为乐园的温室中自修温习。所以学生们都很憧憬Special A级的学生。次一级的A级的学生也只有14名，A级的学生则是进入S·A的候补人选，只要他们的成绩能够超过S·A成员的话，他们就会入选S·A（相对的，也会有S·A成员被降入A级）。
