文月学园采用根据科学、偶然性和神秘学所开发的“测验召唤系统”，让感叹学历低落的学生之间掀起了一股新的风潮。在这所依照分班考试成绩严格实行分班的学园里，男主角吉井明久自信满满地等待着测验结果，结果却被分到最差的班级F班！同时，考试坐在明久身边的姬路瑞希因病患发作，优异的成绩作废，同样被分到F班。明久为了改善瑞希的学习环境，只能尽用班级之间的测验召唤战争提升设备。
八坂真寻（喜多村英梨 配音）是一位单纯平凡的高中男生，某日，他在路上意外地遭遇到了不明生物的袭击，就在这生死存亡的危机时刻，一位银发少女从天而降，成功保护了真寻的性命。少女名叫奈亚子（阿澄佳奈 配音），据说来自外星球，奈亚子告诉真寻，自己是邪神化身，此次来到地球，正是为了保护真寻。 就这样，奈亚子开始了和真寻同进同出的生活。外表冷漠个性糟糕的变态少女克子（松来未佑 配音）、个性胆小害羞但拥有强大力量的莲太（钉宫理惠 配音），这些个性迥异的外星人们接二连三地出现在了真寻的身边，平静的生活就此彻底与真寻无缘！
在世界的每一个角落里，存在着这样一种生物：它们下等且奇怪，完全不同于任何动植物，自古以来为人类所敬畏，不知何时开始，被称为“虫”。它们有自己的生命形态以及生存方式，而这些方式或许会影响到人类的世界。“虫师”这个职业便应运而生，他们对虫进行研究记录，并接受人们的委托，解决由虫引起的奇异事件。 故事主人公银古（中野裕斗 配音）就是这样一名四处云游的虫师，他一头银发，仅用一只眼睛视物；常常叼着一根烟，背着一个大行囊，翻山越岭，追寻虫的足迹。 《虫师》自第一季开播后深受观众喜爱，沉寂数年后TV动画系列再度启动，制作人员由原班人马组成。此次的《虫师·续章》将会动画化原作的全部剧情。
以南葛中和东邦学园同时夺冠而落下帷幕的全国中学生足球大会。 大会后，面向在法国巴黎举办的国际少年青年大会 日本少年青年代表被选出了。 除了发誓向世界飞跃的翅膀之外，日向、若岛津、若林、海角的海外组等最强的布阵。 另一方面，以实力超过日本的世界足球大国也开始行动了。 德国的施耐德、法国的皮埃尔、阿根廷的迪亚斯、意大利的赫尔南德斯等新的竞争对手们也为了获得世界第一的宝座而聚集在巴黎。
