神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
高中生东方亮和小学生熊小毛是市电视台青少频道的实习记者和通讯员。一次偶然的事故，改变了他们两人的命运。这天，他们差点双双触电，幸好，电视台的美女主播安禾及时出现，眼疾手快地救了他俩。在得知安妮将要进行地球灾害现场采访的消息后，亮亮和小毛自告奋勇地要求加入。在触目惊心的龙卷风、地震、洪水、海啸和火灾等各种灾害面前，他们能安全归来吗？本片将带领观众真切体验平凡生命的崇高价值，找寻发现人类家园的美好明天。
大明初起，明太祖朱元璋设锦衣卫亲军指挥使司，后分设南北镇抚司，稽查百官，权势煊赫。锦衣卫沿袭百年，南北镇抚司势如水火，相争不下。朝堂党争激烈，江湖盗匪猖獗，盛世繁华之下，却隐藏着汹涌暗流……
五千年前，对于修行有着无数憧憬的少年，却因体质特殊而无法突破炼体期，进入下一个修炼境界。他从远古神话时代一直修炼到了现代社会，站在繁华都市中，炼体期九万九千四百四十二层的轩辕铭。给自己定了一个小目标：先修炼到炼体期十万层！
