故事以平凡小胖子乐乐的校园生活为背景，讲述钢铁飞龙——炽焰、深蓝、铁拳、Maggie、小星五位战士从未来世界穿越而来，在指导、带领乐乐在一次次击败怪兽的过程中，陪伴他成长为未来英雄的故事。全片除了有热血和冒险元素外，还会有小主角历险后的感悟，让孩子在英雄身上学会成长。
秦羽飞升进入仙魔妖界，因机缘遇见了柳寒舒，在他身上看到了之前的自己，决定收他为徒教他保护自己的方法，但因为宝物星图与柳家和玉剑宗结下梁子，最终以柳寒舒的死亡拉开序幕，秦羽走上与强大对手的对抗之路，努力刻苦修炼，让自己变得更加强大，坚持自己中心的正义之道，也想守护自己在乎的人。三兄弟飞升别离，为寻好兄弟，秦羽踏上了漫漫长路，究竟小黑与侯费在何处，他们能否再次重逢。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
