《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势战胜方家。进入宗门后，秦南因卷入萧轻雪被逼婚一事，惹来宗主之子欧阳君的仇视。为了不断变强，报答萧轻雪的知遇之恩，秦南屡破强敌，连夺万象大比、外门大比第一、与四大宗门天才共闯武缘阁，并获得搅动大陆的惊天秘密，与冷锋约战生死殿、破北海家围困临水城之难，探索九字真言塔，誓与宗门恶势力战斗到底。
凹凸大赛将迎来尾声，众人也由此走向命运的分叉口。金终于获知了关于姐姐的消息，格瑞也走到了真相面前，鬼狐找到了大赛的漏洞联合了嘉德罗斯小队与雷狮海盗团，安迷修的骑士之道上出现了曾经的引路人，艾比带着曾经的记忆开始寻找创世神失踪的真相，而两位监督天使各自带着神使的任务暗中行事……
这是一个亦真亦幻的世界，梦境和现实完美的对接。很多东西并不是建造出来，而是由每个梦主人用意识所创造的，你有多相信这个梦境，它就有多真实。生活在这个世界里的人基本是分不出现实和梦境的，他们穿梭在现实，别人的梦境，甚至自己的梦境中而不自知。用自己的意识影响别人，也同时受别人影响，整个世界因梦而改变着，变美好，变邪恶。
