基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
《神兽金刚3超变星甲》是神兽金刚第三季作品。剧情延续神兽金刚2天神地兽。
衰仔高三生路明非，突然收到了一封来自卡塞尔学院的邀请信，这一件天上掉馅饼的大好事砸得他有一些不知所措，经历了一系列事件后，路明非决定面对未知，加入卡塞尔，谁知竟被告知，卡塞尔的学习之旅是为了——屠龙。学院“自由一日”和“3E”考试等等不同寻常的事件让他不得不相信自己真的加入了一个目标是屠龙的神秘组织，随后去往青铜城的行动也让他直面了自己已然到来的、不平凡且残酷的人生……
