蕾是个非常喜欢花草植物的中学二年级生，绘里香是个喜欢服装设计的中学二年级生，某日她们梦见了在一个充满美丽花草的地方，还有妖精四处飞舞····· 而就在几天后转学到明堂学园的蕾，真的遇上了在梦里见到的妖精，妖精也向蕾表示，希望她能够为守护“心之大树”、并让大家的“心之花”绽放而战······一次偶然的机会，绘里香也加入了进来，和蕾成为了光之美少女……
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
神城麻郁是一个靠写程序打工赚钱，并且自己租下一间湖畔小屋独自生活的高一学生。这一天在上学途中，麻郁遇见了两位少女，一个是留着一头绿色长发，乖巧内向的小野寺桦恋；另一个则是有着红色短发，活泼外向的宫藤深衣奈。此时的麻郁并不知道，这两位少女将会为他的人生带来翻天覆地的转变……
