故事发生在中国。在东海有一个神秘的小岛，被称为愿望岛，只要你将信寄往愿望岛，就会有神秘的小天使来帮助你实现愿望。而这个神秘的小天使就是松鼠特遣队。每天，在愿望岛的特遣队基地中，队长张果果都会收到从中国各地发来的愿望信件，当收到这个愿望信件之后，张果果就会派遣松鼠特遣队前往发信地，帮助那里的孩子实现愿望。松鼠特遣队的每个成员都拥有自己独特的能力，他们会运用自己特有的能力合作解决问题。但是，只有孩子们能够看见松鼠特遣队，大人们不会相信特遣队的存在，而松鼠特遣队也要在不让大人们看到自己的情况下完成各种任务。松鼠特遣队任务的目的地将会是全中国各个地方，在完成任务时，他们能够看到整个中国的风土人情，还有中国的特色建筑等等。
主角柯奇是一个真诚善良，但性格有些冲动的玩具机器人。在危急时刻，他遇到了另一群玩具——聪慧的黑包子、沉稳的刀剑客、热心的小骨头、勇敢的点点、机智的嗦发。在他们共同帮助下，柯奇很快融入了友爱的玩具之家。好景不长，玩具之家被老鼠皮条破坏，大家不知该何去何从。这时，黑包子告诉大家，玩具城城主托雷能为玩具们实现任何愿望。于是众人决定结伴前往托雷玩具城。
击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。而另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星的新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，同伴间的信赖，以及面对强敌的勇敢无惧，粉碎了敌人的一系列行动计划，击倒了强大的对手，最终守护了时空的平衡与地球的和平
