由于残忍的分尸杀人事件频发，世界各地人民陷入一片惶恐不安之中，然而元凶却是人类未曾意料到的“寄生兽”。这些寄生生物的幼虫侵入人类或动物身体后，以寄生脑部为目标，寄生完成后与脑部细胞同化，管理这个“死掉的身体”。它们能任意变形，能够迅速吸收掌握人类知识，而它们的食物便是寄生体相同的物种。 普通高中生泉新一（岛崎信长 配音）某天被一只奇怪的虫子侵入身体并吞噬了右手，自此他不得不与寄生生物“右”共存。本性正直善良的泉新一不敢将这一变故告诉家人和朋友，然而他喜欢的人村野里美（花泽香菜 配音）似乎留意到他身体的变化。为了被寄生生物杀死的亲友以及所有人类的未来，泉新一决心与其他完全体寄生兽进行殊死搏斗。
鲤之助已经离去很久了，自由也渐渐忘却了以前刺激的经历，但短暂的和平气氛随着一个矮小身躯的神秘人出现在自由家而宣告结束。 此人正是鲤之助的孩子鲇之助，拿着心型眼带，为了未来的战斗再次追随着父亲的足迹。 而曾经的对手，现在是自由朋友的御影也因担心自由的安危来到她的身边保护她。 自由的学校中，新转来一个日俄混血的女孩：菲利莎。谁也没想到这个可爱活泼的女孩竟然是柳生十兵卫的亲女儿。 她为了夺回第二代十兵卫的头衔与心型眼带，接近自由。表面上与自由亲热无比，暗底下却包藏祸心。 正当自由身边危机迸发之际，柳生同门的另一宿敌：柳生喜多烈斋的后人又来捣乱。 自由将如何决定自己的未来呢？
因过去的心理阴影而以独自的别扭思考回路讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，由于意外的事件而被生活指导担当教师平冢静带去“侍奉部”并加入其中。他和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到文化祭实行委员的运营，度过着解决各种案件的每一天。时至秋日，八幡等二年级学生前去修学旅行。此时，侍奉部接收到的委托究竟是！？随着新登场的一色彩羽的加入，他们的关系更加错综复杂。——八幡空虚的价值观也有了少许变化，在这些经验过后，他的高中生活又将迎来怎样的展开！？
某一日，人类平静的生活因为一种名叫“兽”的生物的侵袭而彻底画上了句号。当最后的人类威廉（新井良平 配音）从沉睡之中醒来时，他发现，已经500年过去了，而威廉的身上，承载了人类延续的最后的希望。 这个世界上能够和兽抗衡的，只有懂得如何使用圣剑的妖精，然而，这些妖精们将自己化为利剑，一旦能量耗尽就会面临死亡的悲惨结局。在命运齿轮的运转之下，威廉和妖精们相遇了。个性温柔体贴的珂朵莉（田所梓 配音）、沉默寡言我行我素的奈芙莲（上原明里 配音）、看上去懵懂无知其实高深莫测的艾瑟雅（Machico 配音）、率真直爽的菈恩托露可（荒浪和沙 配音），在她们的帮助之下，威廉能否夺回属于人类的领地呢？
