頂級教室爭奪戰即將開打，召喚獸現身吧！ 「我不要這種教室啦！」──笨蛋明久的喊叫聲響遍校園。這裡就是以嚴格分班制度聞名的文月學園。在A段班教室，有完善的冷暖空調及可調式座椅供優秀的精英們使用；而明久所分配到的放牛班教室裡，只有破舊飯桌跟爛掉的榻榻米。為了心儀已久的元氣少女瑞希，明久慫恿班長雄二展開一場激烈的組別戰爭。一場使用學園開發的試驗召喚獸，爭奪頂級教室使用權的危險賭注就要開始啦！
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
故事发生于东京，在全球最大体育盛事WSG即将召开之际，知名企业的高官却接连在赞助商酒会现场遭到绑架，而自新名古屋站至东京的最高时速1000km的真空超导磁悬浮列车也被卷入其中，一场牵动国际目光的重大案件就此展开。
